早在一九七三年春，也就是毛澤東發覺周恩來打著批極左的旗號，企圖對文革進行調整以後，就開始考慮批周的問題了，選擇的"石頭"便是延安整風時毛寫的這九篇文章。當時，毛讓人把文章找出來，印成大字本，在極小的範圍內進行傳閱，其中包括毛的侄子、後來在政治舞台上一度扮演了重要角色的毛遠新，甚至准許他把其中涉及批周內容的兩篇文章錄下音來，帶回遼寧。
正因為毛澤東事先已經向毛遠新交了底，所以毛遠新後來才在批林批孔運動中多次宣稱："毛主席發動的這場批林批孔鬥爭，一個是解決九次路線回潮問題，一個是解決十次路線沒有解決完的問題，能不能歸結到十一次路線鬥爭，可不可以得出這樣一個結論，現在還很難說。"其中"九次路線"指的是劉少奇的問題，"十次路線"是指林彪的問題，而"十一次路線"則是隱指周恩來的問題。這在政治核心圈中已經不是什麼秘密，江青在一九七三年底政治局擴大會議批周時，就已經點明瞭。
毛遠新的上述言論道出了毛澤東在是否拋出周恩來的問題上躊躇未決的心態。毛深知周恩來是一個比劉少奇、林彪更難纏的對手，他在黨內軍中有眾多的支持者和同情者，而且為人處世一貫見風使舵，十分圓滑，讓毛抓不到把柄。
於是，毛決定離開京城這塊喧囂之地，赴南方休養一段。這是毛在黨內鬥爭中作出重大決定前的習慣，當年發動文革，向劉少奇展開攻擊前就是這樣做的。
七月中旬，毛澤東在離京前夕專門召開了一次中央政治局會議。毛知道江青在貫徹他批林批孔的意圖上鋒芒太露，觸犯了黨內軍中的一大批人，臨行前必須設法調解一下這個矛盾。老於權謀的毛有意讓江青為自己背這個黑鍋。會上，毛在肯定批林批孔運動成績的同時，不痛不痒地批評了江青，要她注意克服自己的毛病，不要"動不動就給人戴大帽子"，也不要和王洪文、張春橋、姚文元搞成"四人小宗派"，並且當眾宣布："她(指江青)並不代表我，她代表她自己。"
不僅如此，毛澤東還在談話中，特意提到了九篇文章的事，稱：文件我收回了，而且燒了，不要了。其實，這不過是毛在故意放風，迷人眼目，因為他得知有人把他修改九篇文章這件事悄悄告訴了周恩來。實際上，毛一直沒有打消拋出九篇文章批周的念頭，甚至一直到周恩來死後，毛本人已經重病纏身，無法直接閱讀的情況下，他還叫人把九篇文章整個念給他聽了一遍，並作了若干修改。
經過連續兩次手術後，周恩來自知已經活不了多久了。牽掛他的一樁心事是想在有生之年做一些平反的動作，把責任推給林彪，改善一下自己的形象。當然，這只能看毛澤東的臉色見機行事。
這年"八一"建軍節前夕，在武漢的毛澤東為了修補和黨內軍中老幹部的關係，下令解放當年所謂的"因聽了林彪一面之辭，而錯整了的楊成武"等一批人，讓他們在建軍節招待會上公開露面。這正好給了周恩來一個改善自己形象的機會。
事實上，自文革運動全面發動以後，楊成武一直是周恩來的得力助手。"大鬧懷仁堂"的風波後，楊更是因老帥們靠邊站而一躍成為軍隊實際上的負責人，深受周的倚重乃至毛澤東的賞識，曾經一度是中共政壇上炙手可熱的人物。在一九六七年夏天局勢最混亂的時候，當時擔任毛聯絡員的楊成武暗中協助周恩來向毛澤東奏了中央文革一本，促使毛不得不拋出王力，關鋒等人作為替罪羊。幫助當時已經焦頭爛額的周擺脫了困境。
然而，當楊成武被整時，周恩來卻明哲保身，不僅沒有對他援手，反而還跟著一起批楊，並在批楊的"三二四"大會上帶頭喊出，"永遠忠於中央文革"、"誓死保衛江青"等口號。
這次毛澤東拍板決定把楊成武解放出來，動過手術不久的周恩來專門從醫院趕到人大會堂，參加中央政治局接見楊成武等人的談話，親自傳達了毛在八大軍區司令員對調時對"楊、余、傅事件"所作的自我批評。
"八一"建軍節招待會後，周又特意把楊成武留下來，作了長時間的談話。其中畫龍點睛的是"我要向你檢討，把一切仇恨集中在林彪頭上，一切幸福來自毛主席......"，當談到楊成武的大女兒楊易死亡周恩來說，"本來不想跟你說，考慮再三，我還是要跟你說。你大女兒被整死了......""這是我的失職。楊易的事情我知道一些，多好的孩子啊!當時她正在寫林彪、吳法憲的材料，還沒完成，這是階級鬥爭啊。.......今天我向你檢討，你不要告訴你妻子，緩一緩，革命總要付出代價的。"
同對楊成武相比，周恩來對賀龍的揹負就更大。因為賀龍早已病死於囚禁之中，周直接分管賀龍專案，很多事情都經過他的手，周代表中央宣布對賀龍採取組織措施、批准並修改對賀龍立案審查的報告等。
據後來接手負責對賀龍一案甄別平反的紀登奎說，所謂賀龍"通敵叛變"的歷史問題，其中的疑點破綻很多，根本經不起推敲，顯然是一樁出於政治目的而構陷的冤案。當年審查時，賀龍的老部下寫的揭發材料固然在一定程度上攪混了水，但以周恩來在政治上的閱歷和精明，應該不難看出這一點來。為此，周的形象就是在紀登奎的心目中也打了不少折扣。
周恩來當年在經辦賀龍的案子時，明知其中有不實之處，卻不敢得罪林彪，出來為賀龍辯誣，反而和林彪一起給賀龍羅織罪名，充當了幫凶的角色。其實，周心裏非常清楚賀龍的問題是林彪構陷的一樁冤案，所以當林彪一出事，他立即指派專人把賀龍的遺孀薛明從貴州的山溝裡接回北京，並要她"把賀龍同志遭受林彪一夥迫害的情況，原原本本地寫出來，報告中央"。
文革結束後，薛明揭發賀龍慘死的材料在京城政治圈中廣為流傳，曾引起很大的反響。為此，周恩來的遺孀鄧穎超頗有些坐立不安，曾託人帶話給薛明，說：要是總理知道這個情況，會難過死的。這不過是試圖為自己的丈夫開脫罷了。周本人可能不完全清楚賀龍遭受迫害的某些細節，但也並非一無所知。因為當時各個專案審查小組都定期寫有給中央的報告，匯報審查對象的思想、生活、身體等各方面情況，而作為中央文革碰頭會牽頭人、而且又掛名分管賀龍專案的周恩來應該是可以看到的。況且即便下面的人有意隱瞞真相，又豈能瞞過久經黨內鬥爭的周恩來，他太清楚一旦淪為階下囚後所處的悲慘境況了。
這裡需要指出的是，儘管周恩來有心，但是在為賀龍平反的問題上卻仍然瞻前顧後，小心翼翼。除了因為當年幫助林彪整倒賀龍的江青還在台上外，更讓他顧慮的是，吃不太準毛澤東在這個問題上的真實態度。林彪事件後，毛為了緩和同黨內軍中老幹部的關係，曾先後在不同的場合表示：我看賀龍同志是搞錯了，都是林彪搞的，我聽了林彪的一面之辭，要翻案呢!並在中央軍委會議上當著眾人還破天荒地表示："向同志們做點自我批評。"但是，他在表示要給賀龍平反的同時，還加了一句："不過這個人經常身上有武器。"
在這種情況下，周恩來摸不準毛的真實意圖，儘管毛髮了話，週一開始還是按兵不動，沒有急於將賀龍平反的問題提到政治局會議上討論，而只是讓下面著手做些準備工作，交待當年那位曾咬過賀龍的老幹部重新寫一份證明材料，以備日後之用。其後，當分管中央組織部工作的紀登奎向他請示如何貫徹毛為賀龍平反的指示時，周也只是表示：不忙，再等等看。
直到一九七四年九月從武漢傳回毛澤東關於要抓緊給賀龍恢復名譽的明確指示後，周恩來這才放心，讓紀登奎和華國鋒為中央起草一份通知稿供政治局成員傳閱。拖延已久的為賀龍平反的問題基本上得到瞭解決。
一九七四年九月三十日，周恩來抱病主持了為中共建政二十五週年舉行的招待會。周在招待會上所作的簡短的官式祝酒詞，被熱烈的掌聲打斷十餘次之多。周隨即傳話要求壓低新聞報導的調子，刪掉電視記錄片中諸如"敬愛的周總理"一類用詞，以免在政治上犯忌。
毛澤東雖然遠在外地，卻對京城中的各種動向瞭如指掌。招待會上出現擁周的場面，讓毛心裏很不是滋味，但是又抓不到什麼把柄，因為周恩來在祝酒詞中做得滴水不漏，口口聲聲稱："在毛主席的領導下。"更讓毛不敢小看的是這件事背後所顯示的中共黨內人心向背。本來，毛這次離京赴外地，明為養病，實際上暗中還在起批周的主意，一直在斟酌盤算此舉在政治上的風險和得失。
這次招待會給毛澤東當頭澆了一瓢涼水，使他認識到，公開批週會激起強烈的反彈，導致天下大亂。在林彪事件的重創下，已經年老體衰的毛實在是有些力不從心了。無奈之下，毛澤東不得不把公開批周的打算暫時擱置起來。對此，毛曾向身邊親近的王海容等人作過這樣的解釋："周不是不反，是時候未到。全國人民覺悟不高，對周還缺少認識，現在反週會天下大亂。"這以後，由於批周的打算胎死腹中，批林批孔運動也就失去了政治上主攻的目標，不得不草草收場。
