中藥品種眾多，名稱也千奇百怪，中藥的命名與名稱都與醫療應用有很大的關係，它的命名可幫助人們瞭解一些藥物的性能，以藥材的形、色、氣味來治療疾病，所以有的藥材用它的突出點命名。
(一)以藥材的產地命名
例如：川牛膝，川貝母，川白芷，川木通，川芎，巴豆，廣防己，廣霍香，廣豆根，杭麥冬，杭白芷，懷山，懷牛膝，銀柴胡(銀川)，多倫赤芍(內蒙古)。
(二)以藥材採收季節命名
例如，冬桑葉，夏枯草，半夏，冬蟲夏草(夏季採收)，冬花(莖葉經冬不凋、花冬季盛開)。
(三)以藥材的形態命名
例如，馬鞭草，雞爪黃連，半邊蓮，烏頭，皂角刺，人參，牛膝，木蝴蝶，鳳尾草，罌粟殼，金櫻子(都有一個「罌」字即大腹小口之瓶)。
(四)以藥材的顏色命名
例如，硃砂(紅色)，赫石(豬肝色)，血竭(血紅色)，丹參(外皮紅色)，紅花(紅色)，橙皮(橙黃色)，黃連(皮肉俱黃)，白芷(斷面色白如粉)，白朮(斷面白色)，白花蛇舌草(其花色白)，玄參(斷面黑色)，青黛(表藍色)，紫草(內外皆紫色)，紫色地丁(其花色紫)。
(五)以藥材的質地命名
例如，沉香，浮石，浮小麥，輕粉，桑螵蛸，海螵蛸等。
(六)以藥材的氣命名
例如，麝香，瀋香，蘇合香，安息香，藿香，木香，香薷，雞屎籐，臭牡丹等。
(七)以藥材的味命名
例如，細辛之辛，甘草之甘甜，酸棗仁之酸，苦參之苦，咸翻新石之咸，淡竹葉之味淡，五味子具五種不同之味等。
(八)以藥材的入藥部位命名
例如，麻黃根，葛根，山豆根，白茅根，杏仁，桃仁，月季花，雞冠花，金銀花，洋金花，桑枝，梔子等。
(九)以藥材功效命名
例如，益母草(專治婦科疾病)，防風(能治諸風)，遠志(益智強志)，澤瀉(勝濕利水)，肉蓯蓉(補而不峻)，千年健(祛風濕，強筋骨)，決明子(清肝明目，治目赤腫毒)，大風子(治療麻風)等。
(十)以傳說或人物故事紀念發明人名
例如，使君子，相傳潘州有一個姓郭名使君的醫生，善用該藥治療小兒疳積，因而出了名；何首烏，相傳古時有一性何乳名田兒的老頭，身體虛弱，頭髮皆白，不曾有子，他在夜間看見一種籐本植物自行纏繞，自感好奇，挖根煮吃，久而久之，身體好轉，頭髮發黑，壽長而百餘歲，故有何首烏之名；徐長卿，相傳古時有一個姓徐名長卿的人專以此藥治療邪病，而故名；杜仲，李時珍在《綱目》中謂：「杜仲，人名也。昔用杜仲服此得道，固此名之。」劉寄奴，此藥為甯高祖劉裕所發明，以他乳名寄奴命名。
(十一)以國外進口命名
例如，番瀉葉，胡黃連(歷史上習慣將異邦稱為「番」或「胡」)，西紅花，西洋參，東洋參，高麗參(朝鮮參)。
(十二)以外國語言的譯音命名
例如，曼陀蘿，訶子(訶黎勒)等。
(十三)以藥材集散地命名
例如，藏紅花，廣木香等。
(十四)以加工的藥材改變原有的性狀而形成特有的體質命名
例如，炙甘草，炮姜，焦白朮，熟大黃，建曲，六神丸，阿膠，黃明膠，鹿角膠等。
(十五)以數碼命名
例如，一點紅，一支黃花，一支蒿，二月律，三七，三棱，四季青，四塊瓦，五味子，五穀蟲，五倍子，六月雪，七葉一枝花，八月扎，八角茴香，九節菖蒲，九香蟲，十大功勞，百草霜，千金子，萬年青，七厘麻，七葉蓮。
(十六)以十二生肖命名
例如，龍膽草，蛇床子，牛蒡子，馬兜鈴，羊蹄，豬苓，狗脊，猴棗，菟絲子(兔耳風)，雞內金(雞冠花，雞血籐)，鼠粘子(鼠婦蟲)，虎杖，虎耳草。
(十七)以藥材生長方位命名
例如，東防風，東貝母，西大黃，西河柳，南沙參，南梗桔，北五味，北細辛，北沙參，北豆根，中麻黃。
(十八)以藥材物理性質命名
例如，磁石。
