進化論本身的錯誤
（一）脆弱的邏輯基礎
一八五九年，達爾文在《物種起源》中根據一些零散的事例，鮮明地提出了進化的觀點，認為今天複雜的生物界是從簡單的原始生物一步步進化而來。歷史好像總要在重複中循環前進。隨著科學深入廣泛的發展，歷史流轉到今天，昔日「解決」了的問題又轉了回來，許多人重新陷入古老的疑問：生命到底從何而來？近二十年，大量的事實使進化論陷入了真正的危機。眾多的科學發現使真理的天平明顯地向人們意想不到的地方傾斜了。
比較解剖學，暴露了進化論的邏輯錯誤──循環論證
科學上，如果一個理論的證明違背邏輯，這個理論就不能成立，但是人們對進化論的邏輯錯誤卻不予深究，也是因為深究起來，就沒有證據可言了。許多人對這話感到驚訝？其實，問題的揭示會使你更驚訝。用比較解剖學來論證進化，形象地說就是：「如果人是猿進化來的，人和猿就會有許多相近的特徵；因為人和猿有許多近似之處，所以人就是猿進化來的。」這是典型的「循環論證」，前面在邏輯上沒問題（邏輯上沒問題不等於合乎事實），後面就是狡辯了。換一個通俗的說法更清楚些：「如果甲是乙的弟弟，甲就比乙小；因為甲比乙小，甲就一定是乙的弟弟。」一聽後面就不對，因為甲比乙小，可能甲乙沒有任何親緣，還可能甲是乙的叔叔呢（如果甲輩份大）。循環論證在邏輯上是不能成立的。
然而進化論是歸納法嗎？不是，太多事實歸納不進去
有人曾說進化論是歸納法，這種邏輯思路稍難一些，其實也好理解。歸納法提出一個命題，如果能把涵蓋的所有問題都能歸納進去，那這個命題就是真理。對於進化論，太多的事實歸納不進去！從前面的史前文化來看，從進化的速度、物種爆髮式的產生的方式、進化的概率等等許許多多不但歸納不進去，而且都否定了進化論，可見進化論的論證作為歸納法是不能成立的，其實還是循環論證。似是而非的「循環論證」貫穿了整個進化論，人們似乎都對此習以為常了。然而當我們嚴格地分析起來，都會大吃一驚！即便不十分懂邏輯的人也能發現這種證明是在詭辯。
今天，站在對生命本質有了比較深入認識的水平上再看進化論，達爾文用作證據的事例就顯得比較牽強，論證也談不上嚴謹。為什麼這麼說呢？我們舉個例子。在《物種起源》的第一版中，達爾文發表了一個大膽的設想。他認為一種熊可以下到水中，變成水生動物，最後變成像鯨那樣巨大的生物。所以他講，只要有足夠的時間，通過自然選擇，熊可以變成鯨。在以後的修訂版中，達爾文把這個說法去掉了。他重新考慮後，認識到沒有具體證據來證明，所以就刪去了這一條說法。有趣的是，他的這個熊能通過自然選擇變成鯨的觀點，正是整個進化論的中心點──一個物種可以變成另一個物種。而且，鯨魚進化的說法也沿用至今。從達爾文去掉這個例子這一點，我們也可以看到他對自己這個理論有一定保留意見甚至是疑惑。不難理解，為什麼這些足以給進化論蒙上陰影的部分沒有講出來。
（二）概率計算否定了進化論的核心──基因突變機制
達爾文時代，科學正處於奠基階段，對生命現象的認識還很膚淺。那時的人看到了家養動物的諸多雜種變異，就認為物種也能這樣變成其它種，這就是進化。後來，隨著基因的發現和深入研究，學者們才意識到如果基因不發生根本的變化，不管後代表面與祖先有什麼差異，也沒有進化意義。然而基因又是極其穩定的，只有不正常的「基因突變」才能使之發生改變，那麼「基因突變」也就成了現代進化論的核心了。這是現代所有的進化論者公認的。這裡，我們就集中分析這個核心。
物種的基因的穩定性極難逾越
基因的穩定性是物種保持自身穩定所必須的，同一物種不同個體的基因交流，並不能使此物種變成其它物種。動植物育種專家都知道，一個物種的變化範圍是有限的。最終，培育出的品種不是不育，就是又變成原來的親本。哈佛大學的梅爾教授稱之為基因體內平衡。最常見的就是狗再怎麼雜交育種還是狗。這說明進化論有一個無法跨越的障礙。在理論上，人們把突破這個障礙的可能性寄望於基因突變，這是唯一的可能了。
理論和實際上，基因突變產生高級性狀的機率幾乎是零
基因突變，是一種在基因複製或修復損傷等過程中發生的隨機錯誤，所以又叫隨機突變，本身就是一種病態現象。它發生的機率非常低，大約在萬分之一到十億分之一之間。低等原核生物的突變率較高，大約為千分之一，而高等類型的生物中，許多基因的突變率是十萬分之一到一億分之一。
基因突變能否產生高級特徵（性狀）呢？對基因的深入研究發現：這種情況發生的機率極低。我們知道一個基因的核心是由幾百到幾千個鹼基排列而成，四種不同的鹼基按照一定規則排列，不同的排列順序形成了非常複雜精密的遺傳密碼。既然基因突變是隨機的差錯，我們就可以用一個簡單的例子來分析──
我們來考慮一下這個問題：一個複雜精密的計算機程序，隨意的改動一兩個字元能夠產生更高級的程序嗎？當然不能。基因突變也是這樣。差錯造成的突變一般是單個鹼基的變化，這種變化造成的結果往往是各種缺陷、畸形、致死，在自然條件下具有生存優勢的沒有發現一例。為了增加突變率用於研究，科學家們使用了各種方法增加突變的機率，製造了大量的突變體，也沒發現向高等方向進化的類型。
概率計算表明，生物進化的可能性小到了絕對不可能的程度
現代進化論用基因隨機突變假說解釋進化的根本原因。我們知道這種突變具有隨機性、低頻率和不定向等，值得注意的是：在數學公式和模型普遍應用於生物學領域的今天，進化論者並沒有提出一個全面的公式，計算從基因突變開始到一次進化實現的機率，因為任何一個合理的公式都會否定進化。
許多學者從基因突變發生的機率出發，計算出了產生新物種的概率，發現小得驚人。貝希（Behe, M.J.）的《達爾文的黑匣子》（Darwin's Black Box）一書中，美國生物化學家貝希以血液凝固的一系列生物化學機制為例，講述如此複雜精密的生命現象不可能是進化出來的。其中一個蛋白（TPA）產生的機率是十分之一的十八次方，經過計算至少需要一百億年才能發生。如果同時進化出和它相互作用的蛋白，機率就是十分之一的三十六次方……他說：「很可惜，宇宙沒有時間等待。」
這裡提出一個寬鬆的公式，根據突變機率計算進化產生新物種的概率：
P=(M C R E S)n
通俗地說，就是一個物種的某個體發生了突變（機率M=0.001），並且突變後的基因與自身其它基因在不同層次的產物上可以相容（寬鬆估計C=0.01），而且在生存競爭中該個體能夠存活，有繁殖的機會（R=0.1），而且突變恰好有縱向進化的意義（這種情況至今沒有發現，某些進化論者估計為E=0.001），而且突變基因在種群中得以擴大（寬鬆的估計為S=0.1）；因為新物種的形成需要一系列新基因的出現，假設要十個（冪指數n=10，實際物種間絕對沒有這麼小的基因差異）那麼進化出一個新物種的概率為：
P=(0.0010.010.10.0010.1)10=10-100
按照一年繁殖十代，種群個體數為一千，相應的進化所需要的時間極為寬鬆的計算也需要「十的九十六次方」年。目前科學認為宇宙年齡不會超過二百億（二乘十的十次方）年，進化一個新物種的時間，是宇宙的年齡的自乘約十次，足見進化是絕不可能的。
生物最相近的物種也不可能只差十個基因，高等生物和低等生物基因差別上萬，生物從低等到高等進化所需要的時間更是無法想像的。
生命自然產生的機率，如同用颶風能完成裝配飛機一樣都是不可能的任務
對於生命的產生，現代進化論認為也是一個自然過程，認為簡單的有機物和無機物在某種特殊條件下進化成複雜的生命大分子，各種複雜的大分子進一步組合演化形成原始生命。讀到這麼多串連的「理想化」過程，讀者恐怕會考慮其中的機率問題了，Fred Hoyley 曾說過：「上述事情發生的可能性正如利用席捲整個廢料廠的颶風來裝配七四七噴射機一樣。」
假設和猜測能用作證明嗎？
誰都會回答：「當然不能。」如果一連串（比如五個）的假設來做證明，即使每個可能性有70％，那麼總體（五個70％相乘）可信度只有16.8％了。而進化論的分子進化機制就是一系列假設的組合，已經把可能性降低到宇宙不可能等待的地步了。宇宙還沒等到一個物種的進化就已經毀滅無數次了。進化怎麼可能是對的呢？科學的嚴謹性是不能承認它的。
