中共建政前中國有許多大學是由基督教或天主教會創辦的，其中有幾所稱得上當時的世界級大學。在1952年院校大調整中，這些教會大學逐漸融入其他大學，它們的名字也隨之成為時代的記憶和歷史的一頁。
燕京大學（Yenching University）是20世紀初由四所美國及英國基督教教會聯合在北京開辦的大學。是近代中國規模最大、質量最好、環境最優美的大學，創辦於1916年，司徒雷登任校長，曾與哈佛大學合作成立哈佛—燕京學社，在國內外名聲大噪。在中國高等院校1952年院系調整中，燕京大學被撤消。中國大陸國民政府遷臺後，燕京大學在香港被並入香港中文大學的崇基學院。在中國大陸，其資產由中共政府接管後被整並，文科、理科多並入北京大學，工科並入清華大學，法學院、社會學系並入北京政法學院（今中國政法大學）。校舍由北京大學接收，現在其建築仍為燕京大學古蹟。
輔仁大學（Fu Jen Catholic University）1925年由羅馬教廷創辦，20世紀初與北大、清華、燕京並稱北平四大名校，並馳名於海內外華人社會。創始人之一同為復旦大學的馬相伯先生。1952年在中國高校調整過程中被撤銷，其校舍劃入北京師範大學的北校區。人員與系所編製則分別並入北京大學、北京師範大學、中國人民大學、中國政法大學、中央財經大學等。現輔仁大學舊址為北京師範大學繼續教育學院。
齊魯大學（Cheeloo University）正式校名為山東基督教共和大學，為1904年至1952年在中國山東省辦學的一所教會大學，由來自美國、英國以及加拿大的14個基督教教會組織聯合開辦。鼎盛時號稱「華北第一學府」，與燕京大學齊名，有「南齊北燕」之稱。大陸許多知名學者如老舍先生、歷史學家顧頡剛、墨學大師欒調甫、戲劇學家馬彥祥等紛紛到此執教。齊魯大學是當年外國人在中國創辦的十三所教會大學之一，在1952年的院校大調整中被撤銷，原校址今為山東大學趵突泉校區。其各學科分別被並入山東大學、山東師範大學、山東農業大學、中國藥科大學、南京大學等高校。
東吳大學（Soochow University）20世紀初中國第一所民辦大學。於1900年由基督教監理會在中國蘇州創辦，其法學教育在當時飲譽海內外，是中國第一所西制大學。1951年在臺灣復校，也是臺灣第一所私立大學。1952年中國院系調整時東吳大學與蘇南文化教育學院、江南大學數理系合併為蘇南師範學院，同年定名為江蘇師範學院，在原東吳大學校址辦學。1982年改辦為蘇州大學。後來蘇州蠶桑專科學校、蘇州絲綢工學院、蘇州醫學院先後於1995年、1997年、2000年並入蘇州大學。東吳大學在上海的法學院，並入華東政法學院（今華東政法大學），會計系並入上海財政經濟學院（今上海財經大學）。
聖約翰大學（Saint John's University）中國首個全英語授課的大學，以「光與真理」為校訓。有「東方哈佛」和「外交人才養成所」之雅稱，創下了民國教育的多項第一，尤其是在體育教育上遙遙領先。上海聖約翰大學前身是創建於1879年的聖約翰書院，1905年升格為聖約翰大學，是中國近代最著名的大學之一，也是在華辦學時間最長的一所教會學校。1952年，聖約翰大學被分拆至上海各大名校後解散，聖約翰大學原校址給華東政法大學，一代名校就此消弭於歷史長河。該校培育了林語堂、張愛玲、鄒韜奮、顧維鈞、宋子文、榮毅仁、劉鴻生、貝聿銘、施肇基等一大批影響中國歷史的傑出人物。
震旦大學（Aurora University）是法國天主教耶穌會在中國上海創辦的著名教會大學，是中國近代著名高校。由中國神父馬相伯於1903年2月27日，在徐家匯天文臺舊址創辦。所設學科有語文、像數、格物、致知四門。震旦是印度對中國舊稱，英、法文校名分別為Aurora和L'Aurore。1952年中國院系調整，將震旦大學各院系分別歸併上海市各有關高等學校（復旦大學、上海交通大學、同濟大學等）。
之江大學（Hangchow University）是基督教美北長老會和美南長老會在中國杭州聯合創辦的一所教會大學。也是中國的十三所基督教大學之一，在中國高校中有一定歷史地位，林漢達、金仲華、朱生豪（翻譯家）等知名人士都是之大校友。1951年被浙江省文教廳接管，美籍教員離校回國。1952年因中國高校院系調整解散，院系拆分至浙江師範學院、浙江大學、復旦大學等，之江大學宣告結束。
金陵大學（University of Nanking）是美國基督教會美以美會在南京創辦的教會大學。教育家陶行知、諾貝爾文學獎獲得者賽珍珠、哲學家方東美、文學史家程千帆等著名校友均出自於此。是第一個向中國政府請求立案並獲批准的教會大學。在美國加利福尼亞大學對外人在華所辦大學編類中，金陵大學是教會大學中唯一的A類，持有金陵大學學位的畢業生有資格直接進入美國大學的研究生院。是當時社會評價為「中國最好的教會大學」，享有「江東之雄」、「鐘山之英」之美譽。1952年中國高校院系調整，金陵大學撤銷建制，主體並入南京大學，其餘院系參與組建南京農學院、南京師範學院等高校。其歷史檔案劃歸南京大學。南京大學將校址從四牌樓舊址遷至金大鼓樓校址。
嶺南大學（Lingnan University）前身為格致書院，開創了中國華僑教育的先河，由美國基督教長老會於1888年在廣州創辦，當時以錢樹芬為首的一批愛國校友倡議接辦學校，同年7月經廣東政府批准，學校收歸中國人自辦，並正式改名私立嶺南大學，逐漸發展成為中國南方著名的大學。1927年4月學校宣布停辦。1952年嶺南大學在院系調整中與國立中山大學及其他院校的文、理科合併，組成現在的華南理工大學，中山大學。
