陈水扁在书中，以"惊涛骇浪"来形容去年台湾政权交接的过程，并指民进党政府上台后，台湾军事、情报单位不知"为何而战"，来自对岸的情报也大量减少。
至于两岸关系，陈水扁在书中重申"期待两岸握手的一刻"。
即将在近日出版的陈水扁新书《世纪首航-政党轮替五百天的沉思》，共十多个章节，透露不少台湾政坛内幕。
陈水扁在书中首度谈到，去年台湾的政党轮替只是"良心移交"，而非"制度移交"，只是"口头移交"，而非"清册移交"，因此产生不少混乱。
陈水扁在书中说，他在当选总统后还自问∶是否能顺利宣誓就职？而从当选到宣誓就职这关键的一百天中，他对内要处理来自军情系统、社会情绪、档案移交等难题，对外还要妥善处理对美关系与两岸互动。
由敌人变统帅
对于军队的问题，陈水扁说，过去民进党被列为"三合一敌人"，他也被视为"台独的同路人"，但一夕之间成为三军统帅，军队对他有疑虑是正常的。
因此，选前他就明确宣示，选后军方情治人事不会出现大变动，以安定为原则。
还有，他在选后密集拜访军方将领，走遍军事基地，也是为了打破军方对他的误解。
陈水扁表示，他要让台湾军方了解"谁要消灭中华民国，谁就是我们的敌人"，让军方有新的中心思想∶"是为了保卫中华民国而战、是为了国家而战，不是为了任何单一政党"。
肯定李登辉
陈水扁在书中肯定前总统李登辉于任内确定"军队国家化"，也肯定台湾军情单位在选前宣示不论选举结果为何，都会效忠新的三军统帅的做法，但他也不讳言，移交过程和情治单位内部纷争，有种种混乱。
陈水扁指出，除了国家安全会议没有完整的资料档案外，包括总统府、行政部门也不是那么配合，所幸李登辉做了交代，但程度也非百分之百，"直到现在，政权转移还在进行中。"
有一次，李登辉告诉陈水扁，有件事忘了说。陈水扁在书中说，"其实，他忘掉的事可能还更多。"
‘无知’让人恐惧
陈水扁表示，现在回想起来还会捏把冷汗，国安会对一些重要的事情，竟然连一份会议纪录的档案都没有，新政府完全不知道过去国安会做了什么？碰到过什么问题？如何危机处理？"无知让人恐惧"，这就是他在政权移交过程中的真实情状。
陈水扁在书中谈及台湾情治单位出现的危机，包括台湾内部、对岸情报都大量减少，以及在大陆的老情报员不知为谁而战、为何而战，所以他努力让情治单位在一定程度上中立化。
陈水扁说自己试图改善两岸关系
在修补对美关系和两岸关系部份，陈水扁认为，他就职时是处于最坏的状况，台美关系已因李登辉的"两国论"跌到谷底，两岸关系也异常紧绷。
两岸何日握手言和？
陈水扁说，他当选后，花了非常多时间修补对美关系，希望让台湾人民、对岸与美国政府了解，阿扁不是一个不能预测、复杂的政治领袖。他认为，他在五二○的就职演说做了非常好的沟通，同时持续努力做到言行合一。
在这本新书中，陈水扁也再度强调，应该用中华民国宪法为"一个中国"问题定调，寻求解决两岸歧见和"一个中国"的答案。他并以书房里高挂着南北韩领导人在去年6月13日首次见面时的握手合照为例，表示"南北韩能，为什么台北和北京不能？"
至于是统还是独，陈水扁似乎并不着急，说应该留给后代来决定："我们没有必要现在为我们的后代作自上而下的结论。"
他期待两岸领导人也可以和解，甚至握手，“历尽劫波兄弟在，相逢一笑泯恩仇”，一起改写历史、创造历史。
移交之争
台湾总统府近日来陆续公布陈水扁这本新书内容，已引起台湾政坛与舆论高度重视与讨论。尤其对于陈水扁指政权移交过程中，国安会有部分重要机密档案并未移交，台湾前国安会秘书长殷宗文则发布声明指"列册移交、有案可查"，引发新、旧政府对移交一事各执一词的争议。
星期一（10月29日）在立法院，在野党立法委员以此质询政府发言人（新闻局长）苏正平，但苏正平以"不是其职权范围"为由，不愿做任何评论。
而亲民党立委李庆华等人，则认为国安会历次会议记录可能遭侵占、隐匿，星期一分别到台北地检署，按铃告发李登辉与殷宗文等涉嫌侵占、隐匿军机，要求检方尽速彻查。
至于新书中提到两岸关系部份，台湾有评论者认为，陈水扁表示"期待两岸握手的一刻"，然而陈水扁执政以来最有机会创造两岸高层对话的APEC领袖高峰会，却在新政府"错估形势"的情况下丧失契机，显见新政府仍未掌控大陆政策的主轴，决策取向摇摆不定，评论者期盼陈水扁能展现大气魄，来化解两岸争议。
此外，陈水扁这本新书也有相当篇幅谈及与副总统吕秀莲的互动，并强调"副总统只是备位元首，不是半个总统"，也引起台湾舆论关切正、副总统的不和，是否已正式台面化。
BBC
