穆罕默德死后，继任者称为哈里发(Khalifa，英文caliph)意为“代表者”，由各领袖公举出来，是宗教、政治和军事集于一身的领袖。结果只有四任哈里发为正统从宗教方式推举出来，第五任开始靠政治军事势力而自称哈里发，不再其宗教的威信。在伊斯兰教的历史中，四位正统哈里发，有三位都是被行刺而死，第二任欧麦尔(Umar) 攻灭波斯，后被波斯奴隶所暗杀。其后两任都被伊斯兰教的异见者行刺，第三任奥斯曼 (Uthman)因麦地那的领袖不满其任用小人，结果被刺杀而死。第四任是穆圣的女婿阿里(Ali)，上任后宽恕了行刺者，因行刺者是其妻的前夫儿子。因此引起不满，操控大马士革军政权的穆阿维叶(Muawiyah)起兵挑战其权威，阿里对他开战获胜，但却宽恕了他。阿里的一批追随者对此益表不满，认为阿里不够公义，背弃了“古兰经”教义，这批人乃分离出去，称为哈瓦立及派(Kharajites)意为“退出者”。
后因阿里在Nahrawan 一战中屠城，哈瓦立及派者中人因妻子被害者，于六六一年刺杀了阿里。其后穆阿维叶出兵讨平阿里的势力，最后围攻击杀阿里之弟侯赛因(Husain)，穆罕默德家族至此被伊斯兰教徒自己毁灭净尽。穆亚维叶自封为哈里发，建立了倭马亚王朝(Umayyad)，但已成世俗的军政领袖。而被摧灭的阿里系丝残余，否认其权威，自己组成十叶派(shia其徒众名shiltes)，退往伊拉克，后到波斯(今伊朗)建立根据地，以恐怖主义行动攻击其它伊斯兰教徒。
此外，暗杀阿里的哈瓦立及派，建立一种激进社会改革的理想，一面与十叶派激烈争斗，一面则同样对正统伊斯兰教加以攻击，这两派就成为伊斯兰恐怖主义的根源，因为他们的军力远逊于倭马亚王朝，故用激烈的暗杀手段对付敌人。哈瓦立及派较喜欢与倭亚王朝正面交锋，两个世纪的不断战争，渐被摧毁。十叶派则用迂回手段秘密斗争。在第十世纪末夺得波斯为其根据地，明则采取战争，暗则派刺客行刺，成为一另类的伊斯兰教派集团，人数较少而十分凶狼，由其分支教派，更出现以暗杀为专业的国家，成为恐怖主义的根源。
暗杀集团与信仰战士
伊斯兰教的恐怖主义暗杀传统，在中世纪甚至成为一个国家组织。在第十世纪左右，什叶派有一更激进教派分支出来，名为亦思马因(Ismails)教规就是奉教和专门刺杀敌人，包括刺杀伊斯兰教中的温和派。其教民在波斯以东山区立足，夺得?海南一带险要山地，建数十个堡垒而立国，各国称之为迷途者(Malahidas)中文史书译“木剌夷”(刺字不是刺字，音“啦”)。木刺夷国弱人少，但靠专业暗杀令各国畏惧。在叙利亚这教派名Has Chischin，读音为Assissin，此即为“刺客”一辞的来源，这可说是以恐怖主义立国的国家，后为蒙古西 征时摧毁。
在这时期，伊斯兰世界受到十字军反攻圣地，开始鼓吹圣战观念，又建立一批自杀敢死队，称为Mufahedin，意为“信仰战士”，专门以自杀方式进击敌人。如今这名辞，就被阿富汗游击队所采用，先是反苏联，继而是反美和反西方。阿富汗的塔利班组织，就是这种“信仰战士”的部队，原属阿富汗南部的Durrani部族，信奉巴基斯坦激进逊尼派的迪奥宾(Deoband)派，追求纯正古兰经教训，反对非回教徒干预国家事务，要求赶绝所有外国人，领袖为奥玛，支持者大多为地区性的部族，都是单纯而未见过世面的农民和牧民。其教规重视清修，与世
隔绝，不准信徒读书、照相、看电视电影，连运动、下棋、放风筝等游戏都不容许。他们由于是激进逊尼派，故与激进的什叶派势不两立，曾企图攻灭什叶派圣城 Mazar-i-Sharif (阿里墓所在地)与伊朗亦剑拔弩张。其背后则受巴基斯坦及沙地阿拉伯的激进逊尼派支持，军力约二、三万人。沙地富商拉登与之臭味相投。拉登为也门人及巴勒斯坦人后代人，父为豪富，会在沙地国的King Abdul Aziz大学读管理。在阿富汗抗苏时，资助巨型防空洞，其所住的山洞竟装有冷气机。其兄Salim一九八九年在美国德州意外死亡，使他仇恨美式文明。在一九九一年美军进驻沙地阿拉伯，攻击伊拉克。拉登十分愤慨，认为沙地国是先知的圣地，包括圣城麦加及麦地那在内，是不容许非回教徒践踏的，因为非回教徒吃猪肉，都是不洁者，因而极端反美。
他亦为西方资本主义入侵伊斯兰世界而忧心，因为西方浅薄的世俗-王义，将威胁伊斯兰文化的价值。故此他对西方采取一种义和团式的仇视心态，要求彻底消灭资本主义，要回归纯正的正统，与伊朗的高米尼是同一思路。美国曾训练“信仰战士”抗苏，他们如今却利用同
样方法，训练世界各地来的“信仰战士”，以恐布主义攻击资本主义国家，而美国这老虎将受伤扑杀，恐怕世界永无宁日了。
