台湾总统府在星期五下午召开记者会，总统府秘书长邱义仁说，陈水扁腹部受枪伤，同样站在吉普车上面扫街拜票的副总统吕秀莲则右膝盖受伤，两人均没有生命危险，意识清醒。
由于事发突然，在总统车队送到台南奇美医院的时候，有不同的报道说，陈吕两人是被爆竹所伤，但总统府秘书张邱义仁稍后证实是遭到枪击。
正副总统伤势
据奇美医院院长詹启贤表示，陈水扁总统在受伤后自行步入医院急诊，子弹是在陈总统的衣物上发现，并未进入腹腔肌肉层，仅伤及脂肪层，没有内脏受伤及生命危险。
詹启贤指出，陈总统腹部中央靠肚脐有一个长约11公分，宽2公分的横向裂伤，经过检查伤口大约2公分深，进行了伤口清理及缝合，共缝合了14针。
而吕秀莲副总统枪伤的伤势，是右膝有1到2公分的外伤，膝盖骨稍后方有擦伤，但没有骨折。
暂停竞选活动
陈吕竞选总部和国亲联盟候选人连宋竞选总部都在随后召开记者会做出反应，谴责暴力行为，呼吁支持者保持冷静，以国家安全、社会安全为重。
陈吕竞选总部总指挥张俊雄在记者会上说，星期五下午将暂停全国各地所有竞选活动，预定在全台各地举行的四场选前之夜造势晚会也将停止。
张俊雄呼吁民进党支持者保持冷静，他说总统陈水扁生命安全无虞，请支持者不用担心，必须保持冷静，维持社会安全。
国亲联盟候选人连宋竞选总部随即也召开记者会，连战表示，他已经透过幕僚向陈吕阵营表达关切慰问之意，了解到陈水扁没有生命危险。
连战也说，为了避免群众情绪失控，国亲联盟已经决定停止星期五晚上原定的所有造势晚会。
连战还表示，在总统大选的最后一天发生总统副总统遭枪击的事件，他深感震惊，但是他同时希望政府能够在今天晚上正式做出完整说明，向人民交代事实的真相。
启动国安机制
早些时候，总统府秘书长邱义仁在记者会上说，在陈水扁和吕秀莲遭到枪击送医治疗之后，国安机制已经启动，相关官员正召开紧急会议，商讨对策。
而根据台湾中选会主委黄石城表示，不会延期明天的大选投票活动。
枪击经过
根据邱义仁表示，枪击事件发生在台湾当地时间星期五下午1时45分（格林尼治标准时间0545），当时，陈水扁与吕秀莲的车队在台南市文贤路进行所谓的"扫街拜票"工作。
邱义仁说，车队进行扫街活动时受到许多支持民众燃放鞭炮欢迎，在连串暴响之后，最早是吕秀莲发现右膝盖突然之间非常疼痛，而陈水扁也发现腹部湿湿的，才发现到原来是遭到了枪击。
枪击之后，车队直接更改预定扫街路线，将两人送往台南奇美医院接受治疗，医院方面也成立了紧急应变中心。
在陈吕两人被送往奇美医院之后，医院外面聚集了许多支持群众，为陈水扁吕秀莲的生命祈福。
