北宋年间元符三年(西元1100 年)，文学家苏轼由海南贬所北归，途经广州，来寺礼佛进香，被列于山门大道前的六株绿荫如盖的古榕，盘根错节，气势不凡所吸引，见此“六榕美景”，及应寺中僧人道琮之请为寺题字，即挥笔题了“六榕”两字，骨劲气昂，庄重厚实，雍容大气，一派苏式骨风。“六榕寺”由此闻名。后人敬重苏东坡遗墨，将“六榕”造一木匾刻字悬挂于寺门之上。
至于“花塔”之名，见于清道光《广东通志》。塔身朱栏碧瓦，丹柱粉墙，一层层的塔角飞檐，宛如一朵含苞向天开放的枣红色花瓣，塔刹顶似花蕊心，遥望犹如花朵叠成的冲霄花柱。加上塔身造型外观华丽壮观，色彩斑斓，因而又称“花塔”。是广州现存最高、最古的建筑。
据初唐文学家王勃撰《广州宝庄严寺舍利塔碑》称，寺院始建于南朝刘宋年间(西元420年～西元479年)。魏晋南北朝是中国佛教兴盛的时期，梁武帝萧衍，是历史上推崇佛教的皇帝，在位其间，在全国各地建了大量的寺庙，唐代诗人杜牧所写“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”指的就是这一史实。
寺址于南朝时代原建有“宝庄严寺”，南朝梁大同三年（西元537年）梁武帝的母舅昙裕法师从扶南（今柬埔寨）取回佛舍利，广州刺史萧裕为迎接这一佛宝，于是在寺内大殿前建造佛塔，名为“宝庄严寺舍利塔”。是一平面四角六层华丽的大木塔。南汉时“宝庄严寺”改名为“长寿寺”。唐代又曾修葺。塔的根基很有特色，在重修挖开旧塔地基时发现了“九井环基”。由于古时花塔濒临珠江（旧时珠江宽达2公里），适应临近江边地下水位较高的地形之故，建塔的先民们为了保护塔基，先沿着塔基，像打井一样，以坚固的花岗岩石砌筑9个水井，并相互连环依托，形成一个“梅花九井桩环列地基”，然后在上面建造高塔。北宋《重修广州净慧寺塔碑记》中记载：“广其基以为四十五尺”。按宋尺折算，井桩位置在今塔身与副阶之间。现经科学测量，目前的花塔塔身虽然倾斜了1.7米，但塔基仍然非常稳固。
塔重建后，下瘗佛牙舍利，龛藏贤劫千尊佛像，故名“千佛塔”。北宋初，寺、塔俱毁于火，北宋端拱二年（西元989年）重建寺院，重修时，该寺僧人供奉佛教禅宗六祖慧能，以修净业，遂改名为“净慧寺”。绍圣四年（西元1097年），南海人林修于舍利塔旧址重新建立砖塔。后又多次毁损重建，但塔的主体仍维持宋代原样。
明朝成祖永乐九年(西元1141年)，将“净慧禅寺”改寺名为“六榕寺”，改“千佛塔”为“六榕塔”，又名“花塔”。清咸丰六年（西元1856年），遭台风侵袭，塔顶坠地毁损。清同治十三年（西元1874年），清皇室拨出巨款大加修缮，仅仅修建塔身就用掉了长1尺5分、宽5寸、厚17分的大青砖6万多块，动用泥匠、木匠、石匠、书匠、油漆等修塔工人共一万九千多人。
民国24年（西元1936年）刻制的《重修六榕花塔工程记》铜碑，记有修建佛塔的高度、级数和所用砖、瓦、石、铜、铁等建筑材料的用量。并有塔的立面和平面解剖图。图碑线条清晰，轮廓准确，具有一定的的历史和艺术价值。西元1980年修葺时，在塔壁发现多处“铭文砖”，刻着“广州净慧寺宝塔砖劝首林主持转运司监劝史首王”文字（按：林修曾任宝鸡县主簿）。
六榕花塔为仿楼阁式穿壁绕平座结构砖木塔，平面呈八角形，外观九层，每级皆有暗层共八层，总层数为17层。塔高57、6米，与杭州的“六和塔”构筑相似，是岭南地区现存最高的宋代古塔。铜质塔刹为元至正十八年（西元1358年）铸造的千佛大铜柱，中国古塔之罕见。身上有1023尊浮雕小佛，还有彩云缭绕的天宫宝塔图。千佛铜柱连同顶上的火焰宝珠、双龙宝珠、九霄盘、覆盘以及八根铁链等各种构件，重量超过5吨，庄严绚丽，蔚为壮观。
塔的首层直径12米，外设副阶。梯作穿塔壁绕平座式。各层塔身素壁丹柱，皆有回廊围绕，塔檐以绿琉璃瓦覆顶，檐端微翘如振翅欲飞之状。塔身除斗拱及楼层以木制之外，各层叠涩砌砖挑承平座和瓦檐，并且逐层向内收缩。从塔形、阑额上施普柏枋、圆护斗等形制上看，塔身基本保存了宋代重建时的风貌。晚清重修的首层副阶及各层琉璃瓦檐出檐较浅，则为清代的形式和风格。
寺内有清代康熙二年(西元1663年)间铸的三尊大型黄铜精铸佛像，大佛像每尊高达6米，重10吨，观音像高4米，重5吨，都是很珍贵的文物。在同一寺宇中有如此多的铜铸佛像，是极为少见的。寺中的六祖堂内保存有北宋端拱二年（西元989年）浇铸的禅宗六祖慧能紫铜像。它是按六祖国统一真人真身铸造的像，高1、8米，重千余斤，法貌庄严，垂目禅坐，栩栩如生，衣褶流畅，质感鲜明，为宋代雕铸之杰作，佛门艺术之珍品。
寺内还有碑廊，保存着自宋至清的碑石20 余方，图文记载了寺塔的历史沿革。其中与六榕花塔有关的碑记，除宋绍圣四年（西元1007年）赵叔盎撰并书，南宋、明再刻的《重修广州净慧寺塔碑记》外，还有《塔内八十八佛圣像图》碑，其上描刻有明万历四十六年（西元1618年）重修塔上的88尊佛像及佛名。清同治十三年（西元1874年）重修花塔，由关圣华塑像后依原样重塑佛像，同时立碑。清光绪六年（西元1880年）的《广州六榕寺佛塔图》碑，正中刻有六榕寺塔全图。
六榕寺在广州及珠三角一带可谓妇孺皆知，每天有大量的游客和善男信女前往烧香祈福。但历史上六榕塔曾多次放光，恐怕知者不多。自唐代起至上世纪有过多次放光的记录。宝塔生光，自然引人入胜，六榕塔顶放光显神迹成为千年佳话。
