西藏精神领袖达赖喇嘛抵台后展开为灾民的祈福活动也掀起一连串风波。大陆多份报刊星期二在报导达赖访台时，则一面倒地刻意集中在台湾民众的抗议行动方面，例如人民日报报导高铁站已聚集上百抗议民众，他们手持抗议布条纸板，也有的高举五星红旗，高喊："滚回去，台湾是中国的!"大陆央视更和台湾的中天电视台做现场联线，将台湾部份人士抗议情况讲述一番。
对于这些报导，中国泛蓝联盟湖南长沙成员张子霖表示感叹，他说在台湾可以有共产党，可以高举五星旗抗议，他们泛蓝成员在大陆举青天白日旗却遭种种打击报复："在大陆你根本没有这方面的自由，你表达自己的政治自由是没有的，而在台湾不一样。所以说达赖访问台湾的话，台湾出现了一些民众表示抗议的，我觉得这是很小的一部分，因为在大陆在这方面的一些报导经常是片面性的，我们可以看一看台湾方面的媒体报导，或者其他一些国家的国际媒体报导，所以达赖还是受到很多民众的欢迎的。"
本台记者同时发现，大陆许多媒体都大肆批评了民進党的用心不良，但对于批准达赖来台的马英九则不置一词。深圳异见人士赵达功认为，北京当局只对民進党批评是不对的，因为最终批准达赖来台的是马英九，这说明了台湾民众的诉求，绝非像大陆官方媒体报导那样，全都是抗议之声："有一点是共产党独裁政权，专制政权无法适应的就是说，它这个民主社会遊戏规则，不是说像中国一样一个领导人就可以决定一切，达赖能不能访问台湾，不是说马英九政府就能决定的。共产党它可能忘记了，台湾地区它是个民主制度的社会，这个社会人人都是自由的，它是个政党轮替的政权，不是一个一党独裁的政权。"
在马英九批准达赖赴台后，不少大陆线民在网上发动攻势，表示台湾八八风灾，大陆为此发起了赈灾，捐了许多钱，马英九却恩将仇报，简直是将热脸贴在马的屁股上，要求北京当局立即收复台湾。
香港苹果日报星期二一篇署名张华的评论表示，捐钱助台救灾，存乎一心，那么多的计算，希望台湾收钱后「懂得做」，这不是捐钱，而是收买！香港开放杂志执行编辑蔡咏梅表示，北京的捐款也是为了台湾的灾民，但达赖的祈福同样也是安抚这些亡灵。但北京当局只许自己放火，不许他人点灯，她认为这只会让台湾民心更加疏离。蔡咏梅说："毕竟还不是中国的一部分，还不是它统治管辖的地区，它现在就已经可以干涉到这种程度了，那台湾要是和中国统一的话，整个台湾人民选举的权力也会丧失掉。"
