为解决三峡水库蓄水后带来的生态环境问题，中国有关部门曾制定了一个为期10年的污染治理规划，目标期限是2010年底。据《中国日报》报道，环保部的调查显示，在距离截至日期只有半年的今天，还有相当一部份治理项目尚未启动或完工。完成的项目不到五分之一。
三峡工程耗资2542亿元人民币，130万居民为此迁居他乡。从规划之初起，这一工程就引起了争议。许多专家认为，如此庞大的工程对环境带来的影响难以预测，风险过高。
长期关注中国水污染问题的专家，非政府组织"公众与环境研究中心"主任马军在接受德国之声采访时表示，三峡大坝已建成蓄水，可谓"木已成舟"。现在采取措 施治理污染，只能是尽量减少环境损害。而即便是这样的治理措施也明显不足，"这次会上也证实了这样一个信息，就是污染治理的设施建设还是非常滞后，甚至还 有一些重要的污染源还没有纳入治理范围。"
平湖出高峡-是喜事忧？
这其中包括部分城镇的生活污染、垃圾处理残留物的二次污染，养殖业污染等。工业污染也未得到有效控制。专家指出，水库截流后，流动的水趋于静止，长江干流和支流的自我净化能力降低，已经多次出现水华（俗称蓝藻）。
据报道，在近日在重庆召开的"三峡库区及其上游水污染防治部级联席会议"上，一些省市官员表示，污染治理不力的主要原因是"差钱"，中央财政支持和地方配 套资金都有不小的缺口。马军则认为，鉴于政府已经在三峡环境治理上投入了相当可观的资金，更关键的是现有资金怎样利用，效果如何。长江上游已经建设了一些 污染治理设施，但其中一些并没有正常运转，沿岸仍有企业违规排污。因此问题的核心是加强有效管理，控制排放达标，严格执法。
环保部副部长张力军表示，该部考虑对治污不力的地区和企业暂停新项目的环保审批。马军认为这是正确的做法，但由于将影响到地方的GDP，无疑在落实上会遭遇阻力。
在西部开发的背景下，发展速度是三峡生态环境面临的一大挑战。周边地区经济快速发展，人口增长、城镇规模扩大，工业企业增加，都给三峡库区环境造成巨大压 力。马军表示："特别是其中还涉及到一些高污染、高排放的项目。像化工这样的产业也落户到三峡库区，吸引了众多的小化工厂。它们的生产经营，包括高度风险 的原材料和最终产品的运输，很多都要通过库区的水路。它带来的隐患是非常大的。"
2009年，德国化工巨头巴斯夫（BASF）在重庆的MDI化工厂项目得到批准。不少专家的意见是，这样的项目和产业都是不适合在库区建设的。此外，三峡库区还面临一些水库特有的环境问题，如由水位变化造成的"消落带"成为污染因素，以及泥石流等地质危险增加等。
马军认为，鉴于三峡库区面临的环境和生态威胁，对在三峡的上游建设大型水利工程应该更加谨慎："在三峡大坝既已建成，上游还有大量的水库正在建设或正在规 划的情况下，应该对三峡蓄水之后带来的各种影响进行评估，对污染处理设施、应对措施的有效性进行评估，然后考虑，未来10年里，是否还适合在长江上游继续 建设库容、蓄水能力、发电能力超过三峡的大型水电站。我想我们首先应该明确这样一个问题。"
