孙中山最初访问日本是在1895年，此后十多次访问日本，在日本居留时间长达10年左右，日本在孙中山的革命生涯中占有重要位置。
位于东京文京区的白山神社，以八仙花著称，在神社入口处靠近大殿的一角，静静地伫立着一座石碑，这就是“孙文先生坐石碑”。这块石碑和其下的坐石也是孙中山与宫崎滔天（1871−1922）友谊的见证。
根据碑文记载，宫崎滔天的儿子宫崎龙介回忆，1910年5月中旬的一个夜晚，孙中山和宫崎滔天一起在白山神社内，坐在这块石头身上谈论中国的未来和治国方略，阐述了自己的抱负，正在这时，一颗绚烂的“流星”划过夜空，看到这颗流星，孙中山发誓要在祖国发动革命。这颗“流星”据说就是著名的哈雷彗星。石头的长度和形状，正好够两个人落座。看着这块石头，眼前仿佛出现了中山先生执着求索革命道路的身影。
1897年7月，孙中山在横滨与宫崎滔天首次相会，当初，因语言不通，两人是通过汉文笔谈的，现在，笔谈的记录还保留在宫崎滔天的孙女宫崎蕗苳手中。宫崎滔天在1902年出版的《三十三年的梦》一书中记道：“他思想高尚，见识卓群，抱负远大，感情真挚，我就是在这个时候倾心于他的。”
根据《宫崎滔天全集》记载，当时孙中山在距离白山神社很近的宫崎滔天家中寄宿，为了传递这个历史事实和孙中山与白山神社的缘分，白山神社和神社信众等一起捐款，在1983年6月1日建立了纪念碑。
在与日本的关系中，最值得大书特书的是孙中山领导的中国同盟会是在东京设立的。1905年7月，在宫崎滔天斡旋下，孙中山与华兴会的黄兴在位于现东京都新宿区神乐坂的一家名为“凤乐园”的中餐馆举行了会谈，协商了建立统一革命团体的问题。当年8月20日，中国同盟会成立大会在赤坂的坂本金弥议员宅邸举行，孙中山当选总理。据说，同盟会的纲领，即著名的“驱除鞑虏、恢复中华、创立民国、平均地权”中凡人“平均地权”主张受到了宫崎滔天的哥哥宫崎民藏的影响，在三民主义的民生主义中，平均地权也是重要内容。
1962年，大仓财阀第二代的大仓喜七郎在同盟会诞生地建立了大仓饭店，如今，大仓饭店是与帝国饭店、新大谷饭店并列的东京三大饭店之一。
宫崎滔天是熊本县荒尾市人，结识孙中山后，他邀请孙中山到自己位于荒尾市的家中居住了两周。如今，宫崎滔天的故居保存完好，并从今年10月1日起举行一系列纪念活动。现在，宫崎滔天故居内还展示着孙中山书写的匾额“博爱仁行”。
