1968年5月25日，中共发出《转发毛主席关于＜北京新华印刷厂军管会发动群众开展对敌斗争的经验>的批示的通知》，发动“清理阶级队伍”运动，这是毛泽东继打倒刘少奇、邓小平后，将斗争矛头转向被发动起来的普通群众。
文革高层直接掌控的各地的“军管会”、“军宣队”，以及由军人控制的各地“革委会”，是这场“清阶”运动的直接领导者；运动波及全国城市和农村，涵盖从科技文化知识份子到工人和农民的社会各阶层。“清理阶级队伍”运动，比文革初期红卫兵抄家、打死“狗崽子”的“红色恐怖”时期更加打击面大、更加阴暗恐怖、更加凶狠残酷、更加旷日持久，全国各地大屠杀触目惊心、比比皆是，并出现了文化大革命时期的第三波自杀高峰。
1966年，毛泽东为了扳倒其党内的“敌人”刘少奇、邓小平，发动了红卫兵和学生运动。毛泽东从中也看到了允许人民结社成立组织的后果。到了1967年1月，毛泽东对打倒刘少奇、邓小平的“资产阶级司令部”已经有了十分把握，“民意”这张牌，他就要收回了，他开始转移斗争矛头。1月2日，毛泽东指示：开展全国全面的阶级斗争，重点是北京、上海、天津、东北。1月30日，他在一份关于阶级斗争情况的报告上写了个批示：“党、政军民学、工厂、农村、商业内部，都混入了少数反革命分子，右派份子，变节分子。此次运动中这些人大部自己跳出来，是大好事。应由革命群众认真查明，彻底批判，然后分别轻重，酌情处理。”
这是文革中的一个重要的转折点。毛没提“当权派”，而只讲“反革命分子，右派份子，变节分子”。而且他所谓的“运动中这些人大部自己跳出来”，点明了不是指共产党干部、当权派，而是在文化革命中的积极份子。从那之后，一般老百姓、普通人不再安全了，运动的矛头就要对准他们了。1月夺权，各地造反派把权夺到手里，以为可以掌权了。殊不知毛泽东另有安排，请军队出来把权接过去。他设想的是：支持群众组织夺权，但不让群众组织掌权，全国实行军事管制。2月实行军事管制后，全国大肆“镇压反革命”，抓捕造反派，也就是毛泽东所说的“运动中自己跳出来”的积极份子。6月，毛泽东派其警卫部队和身边的工作人员到北京新华印刷厂、针织总厂等几家工厂，实行军事管制。“军管会”执掌权力后即开展所谓“对敌斗争”。此外，斗争的另一个主要对象就是所谓“国民党反动派的残渣余孽”。新华印刷厂军管会进厂不到两个月，就揪出了十个“反革命分子”。1968年5月13日，姚文元将新华印刷厂军管会的文章《北京新华印刷厂军管会发动群众开展对敌斗争的经验》送毛泽东批阅。5月19日，毛泽东作出批示说：“文元同志：建议此件批发全国。……在我看过的同类材料中，此件是写得最好的。”1968年5月25日，中共中央、中央文革小组发出《转发毛主席关于＜北京新华印刷厂军管会发动群众开展对敌斗争的经验〉的批示的通知》。从此“清理阶级队伍”即在全国展开。
毛泽东在1968年10月的中共八届十二中全会上说：“这场文化大革命究竟能不能搞到底？我们讲，要搞到底。什么叫搞到底？这是一个问题。估计三年差不多。到明年夏季差不多了。到底，就是包括大批判、清理阶级队伍、整党、精兵简政、改革不合理的规章制度。”“现在正搞大批判、清理阶级队伍。这件事一是要抓紧，（二是）要注意政策。……”于是中共八届十二中全会发布公报，说：“必须继续在工厂、人民公社、机关、学校、一切企业事业单位、街道等各个方面，认真做好清理阶级队伍的工作，把躲在广大群众中的一小撮反革命分子挖出来。”
此后“清阶”即成文革的主要内容。而文化革命起先的斗争目标“走资本主义道路的当权派”倒不是“清阶”的主要对象。共产党所有的派系联合起来，对人民实行专政。毛泽东依靠的还是原来刘少奇和周恩来的党和政府机构的系统。他本身就是那个系统的一员，没有那个系统的正常运作，他在中南海一天也坐不住。毛泽东依靠党组织和军队控制社会。一切都是旧的。唯一的新东西是“解放军毛泽东思想宣传队”和“工人阶级宣传队”。各地的“军管会”、“军宣队”，以及由军人控制的各地“革委会”，是这场“清阶”运动的直接领导者。
文化革命的重点本来是揪“走资派”，但除非被冠以“叛徒”或“特务”，走资派却不是“清理阶级队伍”的主要目标。按毛泽东的说法，“清理阶级队伍要搞叛徒、特务、死不改悔的走资派、反革命分子、没有改造好的地、富、反、坏、右分子。”1967年12月，中共中央曾下达《关于城市（镇）街道无产阶级文化大革命的意见》，指明任务是：“彻底批判党内最大的一小撮走资本主义道路当权派和他们在各省、市（镇）的代理人”，“揭露打击社会上没有改造好的地、富、反、坏、右分子，反动的资产阶级知识份子以及隐藏的各种敌特分子。”这已表明打击的重点实际还是传统的“阶级敌人”。“清阶”时各地被“清理”的对象不尽相同，但“地、富、反、坏、右”这五类分子是不可少的。他们是所谓“老运动员”，斗争这些人已不新鲜，新鲜的是各地因地制宜归纳的“ｘｘ类人”。被归于“ｘｘ类人”的五花八门，形形色色：“反动资本家”、“政治骗子”、“国民党嫌疑”、“阶级异己分子”、“反动会道徒”……“清阶”持续一年多，是文革中持续最久的阶段。
“清阶”使毛泽东批判的刘少奇1966年的“资产阶级反动路线”大为相形见绌。这一年是文革中死人最多的一年，50万人死亡。除了战争年代和1960年毛泽东制造的大饥馑外，从没有这么多无辜的老百姓死于非命。在“清阶”中被整死的人数，远多于武斗和文革初的红色恐怖。譬如上海宝山县，文革初横扫一切牛鬼蛇神时非正常死亡为70多人，而“全县清队中非正常死亡人数达334人。”这是一场在中共中央统一指挥下的对人民大规模政治迫害。各地运动的成绩是按“挖出”各种“敌人”的数目衡量的，所以敌人们或是“反动资本家”，或是“政治骗子”，或是“国民党嫌疑”。有的叫“历史反革命”，有的叫“阶级异己分子”，有的叫“反动会道徒”，五花八门，形形色色。
执掌各省、市党、政、军大权的军人是这场运动的指挥者。几乎每个省、市都是他们在主持这种大规模迫害运动。他们控制了“新生的”革委会，接过红卫兵的“红色恐怖”口号，改成“刮红色台风”：“十二级台风”、“二十四级台风”。他们经过权力斗争的洗礼，以巩固权力为第一要务。他们需要靠“红色台风”产生威慑力量，压制曾经对自己的权力有过威胁的反对派，恫吓可能更反对派走的普通老百姓，藉以巩固政权。
譬如大庆油田自1967年3月起实行军管，革委会成立时由陆军第十六军副军长诸传禹担任主任。1968年初开始“清阶”，“自杀、打死人的现象不断发生，并逐渐增多，1至4月份自杀15人，5至6月份自杀36人，打死7人。”“支左”的军队干部把天津市塘沽碱面厂的八个工程师定为特务，施加种种酷刑，结果八位工程师全部打死。
辽宁省新金县武装部副政委王立龙是个“活学活用毛主席著作”的标兵。1968年4月，他带了两名助手到下面公社去寻找阶级斗争的新情况。当他一听说有个大队党支部书记同一个姑娘许连荣有染时，马上断定“这就是新形势下的阶级斗争！”是敌人向共产党干部施行了美人计。因为许连荣长得比较漂亮，而且“家庭有问题”。其实许家的唯一“问题”是许的哥哥在中学念书时，曾被诬蔑参加“反动组织”判过三年管制。许连荣被严刑拷打，被打得死去活来不得不“招供”，“按指印”后被放回家。当天晚上，许氏一家，老夫妇、两个儿子及三个女儿，7口人一起上吊死。事后，人们看到他家墙上写了两个大字：“屈死”。许连荣腰间别着一份遗书，要求对她的尸体进行检查。检验结果是：她还是个处女。
1968年，甘肃省革委会主任、兰州军区政委冼恒汉提出要在农村“刮十二级台风”，“用无产阶级专政的办法办农业”。如何办？一利用民兵举办“劳改班”。譬如庆阳地区关押了七千多人，施用酷刑几十种。二以“大干社会主义”为名，不论炎夏寒冬，强迫农民每天干活十几个小时。三在“专政”的口号下，农村干部打人骂人罚人成风。有的地委书记、县委书记甚至扬言“打出了高产就受奖励”、“学大寨还不死几个人！”后来国务院和中国社会科学院赴甘肃联合调查，写了一个报告，说：“普遍侵犯农民人身权利的县，在甘肃不会少于二十个！”“估计全省直接被迫害致死的农民不少于万人，冤案如山。”
江西掌权的革命委员会主任是军人程世清。该省的口号是“三查”：查叛徒、查特务、查现行反革命。“群众办案、群众定性、群众判刑。”所谓“群众”，当然就是在各基层单位掌了权的人。程世清说：“杀死一个阶级敌人，就节省了我们一颗子弹。”武宁县黄沙大队已在“三查”中用酷刑打死了3个人。大队负责人到县里去听了“燃起三查万把火”的报告后，回去传达“上头说了，打死个把反革命分子，还节约几颗子弹。”武宁县的“三查”，有个特殊的刑罚，割耳朵。“耳朵割下来往地上一丢，狗就衔着跑了。”早已斗争、拷打过几十次的“反共救国军”小队会计郑家树祖父是地主，父亲曾在国民党时期做过乡长，他被揪去斗争，由他弟弟动手，割了他的右耳。郑昏倒后，被人抬回家。大队派人对他下了通令：“明夜到大队交待问题，再不交待，命都不留你。”为寻活路，他不得不出逃，隐姓埋名流浪11年。
江西在“三查”中疯狂杀害所谓的“阶级敌人”。兴国县杀了270多人，瑞金县杀死了3百多人，于都县杀了5百多。瑞金县有个小理发店，有三个剃头师傅。其中两个说自己是革命群众，而另一个是“现行反革命”。这两个人就成立了一个“革命群众法庭”，拿起《毛主席语录》，对另一个说：“根据《毛主席语录》第几页第几条，现在判处你死刑，立即执行。”这两个人就把他给杀死了。杀死以后，还在理发店门口张贴了一张布告。有一个人民公社，把揪出来的各种“分子”集中起来，要他们到山上去挖树洞，分散开，见不到彼此。谁报告说“挖好了”，还不等他说完，看押的贫下中农就一顿铁锄，把他打死，埋在那个“树洞”里。有一个公社，把十几名五类分子的子女抓到公社的院子里，一个个捆在树上。正在这时，县委来通知，因为杀得太多了，要求各公社停止。这个公社的负责人说：“反正明天就不杀了，今天还是杀了吧。”这十几名五类分子的孩子就这样被杀害了。
湖南凤凰县把所有的“地、富、反、坏、右”及其子女集中到由民兵看守的指定地点，然后逐户翻箱倒柜搜查，称是“政治大搜查”。湖南攸县在全县“横扫政治垃圾”，抄家五千多户，拘捕了九千余人。地主富农的财产在“土地改革”时已被没收，近二十年来，他们只剩下一两间陋屋遮遮风雨，已过了十七年的赤贫生活，云南省革委会主任谭甫仁提出：“对地主富农进行第二次革命”。于是全省没收地富的所谓“多余财产”。“地、富、反、坏、右”再次任人宰割。甘肃正宁县革命委员会认为1966年的“破四旧”不够彻底，宣布进行“政治、经济大扫除”。他们派出清查小组在全县范围内对地、富、反、坏、右及少数农户，强行索要和搜查黄金、白银、银元。“全县清扫出白银2585两，银15000两……”江西丰城县泉港公社以“揪斗牛鬼蛇神”的名义行动起来，“没收一大批黄金、白银和银元，折合人民币287885元。没收地富房屋92幢。”江苏如东县大刮“红色台风”，仅3千户人家的掘港镇就有60人被关押，183户被封门抄家。工厂、城市的“红色台风”也不弱。山东小城市枣庄在“清阶”中被抄家的就有5014户。江西洪都机械厂是一间大型飞机制造厂。4百多人被抄家，造成10人死亡。
1966年全国大抄家时没抄尽的黄金、银元，这次基本搜罗干净，甚至连家具也在查抄之列。经过这场“大扫除”，民间的黄金及银元才算大致搜罗殆尽。
由于中共中央文件中指明要清查“隐藏的各种敌特分子”，凡与外国有点瓜葛的人都成了“审查”、揪斗对象。国家乒乓球队教练傅其芳、姜永宁都因为是从香港回来的而被怀疑是特务，相继悬梁自尽。1959年为中国挣得第一个世界冠军称号的乒乓球运动员容国团也是从香港回来的，1957年他归国时才19岁，可是也是“特务”嫌犯。6月20日，写下了“不要怀疑我是敌人”的遗书，他像教练傅其芳一样，用一根绳子将自己吊死在一棵槐树上，年仅30岁。
苏联、外蒙古、朝鲜都“修了”，所以还要抓这三个老修的特务。从1938年起，中共东北抗日联军中有十几个人被苏联红军挑选到边防部队当侦察员，潜回中国，侦察日军边防设施、工事，直到抗战胜利后才归国。安徽大学政治部副主任李东光是其中之一。清阶时，他被指为“苏修特务”，投入监狱关了5年。他的战友们“关的关，坐牢的坐牢，死的死……”黑龙江省黑河地区地处与苏联接壤，黑龙江省革委会主任潘复生说：“黑河地区特务如毛。”所以重点是抓“日本特务、苏联特务、国民党特务”。嘉荫县“私设监所65处，关押人，共用刑罚种样；致死7人，致残192人。”望奎县重点在“深挖”苏联、外蒙古和朝鲜“特务”。“许多人以莫须有的罪名被看管、批斗，造成1883人的冤、假、错案，55人非正常死亡。”
由于毛泽东说过文化革命是“国、共两党斗争的继续”，各地“清阶”中大抓“国民党特务”，一时间“国特”冤狱遍地。辽宁凌源县，仅子虚乌有的“国民党反共救国团”一案便揪了913人，“致死25人，致残51人。”从菲律宾归国的干部200多人被打成“美蒋特务集团”，关押批斗，致死10多人。1938年，周恩来到武汉参加国民政府军事委员会政治部的工作，以郭沫若名下的“政治部第三厅”为招牌，将共产党领导的文艺工作者组织成几支抗敌演剧队，到各战区演出，各队均有中共的支部秘密领导，直到抗战结束。如今被打都成“反革命别动队”。“据不完全统计，仅抗敌演剧队成员被迫害致死的就有14人之多。其中在北京、江苏、浙江、湖南、广东、云南等地共死7人，上海一地就死7人。”抗战时期的首都重庆，电影制片厂实行军队编制。女演员舒绣文也得了个校级的军衔。现在就成了“反动军官”，1968年在监狱中自杀身亡。陈伯达亲抵邯郸市对清查“国民党案”作了指示后，隶属邯郸的邱县运动愈搞愈烈。教育局局长刘雷也成了“国民党员”。他被关押后，很快在刑讯拷打时死去。他的手指被斩下，泡在防腐液里。想要揪谁，就写一份说谁是国民党员的“揭发材料”，把刘雷的手指取出，按上红指印，算是人证。就这样，50多个人先后成为“国民党员”。1968年1月21日，康生指控云南省委书记赵健民是叛徒，并凭空捏造了一个“国民党云南特务组”。他下令公安部部长谢富治当场逮捕赵之后，整个云南便抓起“执行赵健民国民党云南特务组计划”的分子来。仅此一案，云南省138万人被牵连，17000余人被打死、逼死，61000多人被打残。仅昆明地区就死了1473人，打残9661人。山东广饶县大王桥村出了两位国民党将领：李延年是与日寇血战台儿庄的将军，驻防徐州时，老百姓捐资修建“延年桥”，调防时各店铺门口都放水一盆镜子一面，为其送行；李玉堂为国民党海南岛守军司令，1949年与中共叶剑英部联络，决定率部起义，因事泄未成。李在台湾被枪决。1968年春，李尚未被中共追认为烈士，凡与李家有一点联系的就统统揪出来。谁为李家牵过马、挑过夫，谁的爷爷给李延年的奶妈祝过寿，谁的父亲到李府喝过酒，五百户的庄子，揪出了200多人。早已离开农村的前地主富农被揪回去斗争。漫画家、主持《漫画》杂志10年的米谷4岁丧父，由寡母一手拉扯大。他成“反动学术权威”、被批斗后送静海县团泊洼农场；1968年9月，留在北京家中的母亲被故乡浙江海宁来的人揪走，按“地主婆”之罪日夜批斗，自缢身亡。……
1968年“清阶”时的“红色台风”，更甚于1966年8月份的“红色恐怖”。
一般一个县揪斗的人都在万人以上。譬如刘少奇的老家湖南宁乡县，一场“清阶”就“新挖出阶级敌人9835个”。广东和平县，“全县被揪斗12000千余人。”陕西西乡县“大打清队人民战争”，揪斗了10000多人。安康县，清理“阶级敌人”11000多名，其中8500多被定为“敌我矛盾”。四川新津县，“被揪斗的在万人以上。”甚邡县“审查”、斗争了1万多人之后，宣布清理出2600多个各类“分子”。河南新安县召开“深挖叛徒、特务，清理阶级队伍誓师大会”，将各类分子挂牌游街示众后，将1万多人送进了“清理阶级队伍学习班”。浙江淳安县，清理出各类“阶级敌人”11000多人。武义县有11471人被审查批斗。”
江苏昆山县总共46万人，各类“分子”天天被挂上写明“分子”种类的牌子，押上街游行。“至年底，全县共揪斗18000余人。”高邮县，“有13326人被当作地、富、反、坏、右和叛徒、特务、反动会道徒而审查”。如东县六月初开始“大打对敌斗争的人民战争”，揪斗15000余人，其中8400余人被定为“敌我矛盾”。高邮县军管会有13000多人被当作当作各类分子“审查”。武进县革委会的口号是“刮二十四级红色台风”，各级革委会揪出14600多人批斗。内蒙古伊金霍洛旗，至1969年2月，全旗“挖出”“阶级敌人”6600百多人。死亡37人。致残30人。广西大新县人口共20万，“揪出”了3千多人。仅12万人口的安徽祁门县，揪斗了2648人。仅3..25万人的陕西甘泉县，清出“阶级敌人”1155名，8人自杀。全国两千余县，被揪斗者超过两千万，加上数百大中小城市，共有3000万人在“清阶”中被批斗迫害。
当时盛行一个词，叫“漏网”的什么分子，用得最多的是“漏网右派”。你本来是右派，当时没把你打成右派，因为你漏网了。这一次把你补上。在全国的清理阶级队伍中，把所谓“漏网”的分子们补上也是一大内容。内蒙古伊金霍洛旗，在农村牧区搞重划阶级成份运动，“错划成份480户，错误批斗683人，受株连2118人。”江西景德镇在“清阶”中，“新挖出敌对阶级分子972人”，“其中地主156人，富农145人，资本家464人，叛徒、特务、反革命、坏份子207人。”此外，还有380个“怀疑对像”，现在先说“怀疑”你，下次再来什么运动时他们就将是新的“漏网地主”……。
“土改”时，地主、富农的财产已被全部剥夺。他们现在也是人民公社社员，也靠劳动吃饭，而且在贫、下中农监督下，还得比别人劳动得更多。可是他们一入另册，今生今世便永远是“四类分子”，其子女甚至孙子、孙女都是贱民。1968年秋，江苏高邮县一个村子的“贫协主席”郭金贵找到本村的四类分子王世昌，对他说：“你要不挨斗，就把女儿给周家，我就给你把帽子摘掉。不然，挨斗的日子还在后头呢！”王屈服了，他的女儿王家娟却不肯如此嫁人，周家送来订婚礼之后决以死抗婚。获救后，母亲哀求她：“要成全父亲，否则你父亲的帽子永远摘不掉。你们做子女的也就要背一辈子黑锅。”就这样，一个二十年前的地主的女儿被带到周家，做了二十年前的贫农的儿子的老婆。……
毛泽东说：“专政是群众的专政”。也就是所谓“革命群众”有权对所谓“反革命”、“国民党”实行专政。按照毛泽东的指示，各地都层层建立了“群众专政指挥部”。以江西万年县为例，根据省、地革委会的指示，召开“紧跟毛主席伟大战略部署，向阶级敌人展开决战誓师大会”，总共21万人，一下子抓出8007个“阶级敌人”，全部押往农村“劳动改造”。“凡被‘深挖细找’出来的‘阶级敌人’，无不惨遭毒刑，诬陷逼供，屈打成招。”“群众专政指挥部”采用的“刑罚种类有捆绑、吊打、压杠子、占凳头、跪瓦片、坐老虎凳、作喷气式、电触、红铁烙、灌吃大粪、开水浇头、大热天反穿羊皮大衣晒太阳等数十种。大黄公社一位女医生被诬为‘现行反革命’，揪出来用电触奶头，用开水浇阴道，当场昏死，目不忍睹。据公安局统计，全县被打死或被迫害至死的有214人。”
1968年5月，山西乡宁县“群众专政指挥部”“乱捕乱斗、挂牌游街、殴打干部群众1200多人次，其中打死26人，打伤打残50多人。”
有的地方不叫“群众专政指挥部”，名称变种，干的事与“群众专政指挥部”无异。譬如浙江武义县建立革命委员会后，即成立“文攻武卫指挥部”。该指挥部并未指挥武斗，却先后关押了6425人，“其中打成重伤的181人，被打死、谋害和自杀的59人。”
广西宾阳县革委会发动“向阶级敌人进攻”后，全县开始疯狂打人。县医院院长以及内科主任、外科主任，三人被活活打死。1968年8月16日，上林县三里区革委会召开群众大会，将“二十三种人”，各种“分子”，以及“出身不好的”、“社会关系复杂的”，“犯过错误的”，还有他们的亲属子女，全部拉到会场批斗，当场活活打死167人！据新编《上林县志》说，这仅仅是该县“成批杀人事件”中的一起事件。该县在“清阶”中被打死者至少在5百以上！1967年底中共中央任命韦国清为广西革委会筹备委员会主任韦国清后，支持伍晋南的“4.22”派继续与支持韦国清的“联指”派斗争。韦国清为控制全自治区，从一九六八年六月开始对“4.22”实行屠杀。这场由广西军区组织，各县人武部具体执行的大屠杀，使全国文革期间任何一场杀戮都相形见绌。因官方承认两派都是“革命群众组织”，所以先在全自治区张贴破获受台湾支持的“反共救国团广西分团”的布告，号召全区人民缉捕“反共救国团”成员，继而以毛泽东“群众专政”为根据，由“联指”派成员执行屠杀任务。即捕即杀，法律程序一概免去。
武鸣县的一个公社，在赶集时将六十多人押到墟场，一字排开，用铁锤逐一砸开脑门。相邻一个公社，将40多名“反”字号押到集上，全部用乱棍打死。宾阳县“联指”凭恃县武装部的支持，在乡镇墟市上见到“4.22”的人就乱棍打死，街上摆满了死人。杀完了对立面，再杀五类分子，当地最有名的医生是地主出身，也被杀害。武鸣县华侨农场有两三万人，部份是农民部份是华侨，因华侨一般是“4.22”派成员，死了一百多人，多为活活打死。为图省事，往往将“4.22”押到江边，打死后推入江中。一天，武宣县畜牧场场长在柳江钓鱼，见到从柳州方向飘来尸体，十分钟内数了九具。作家秦牧说广西“大量尸体被绑在木排上，从梧州一直飘流到广东的肇庆等地”。
各县解决后，广西军区便对南宁、柳州、桂林等市的“4.22”的据点实行总攻。枪炮、坦克、水火一齐上。因据守南宁展览馆的“4.22”躲进地道，当局采用水攻，下游水库关闸，上游水库放水，一直淹到该城最高点火车站。地道里的“4.22”死了多少，已无人知晓。
消灭“4.22””残杀“4.22”俘虏的同时，“联指”内的愚昧民众将“4.22”方面的人及其家属捕而食之。为了表示其吃人是正义的革命行动，他们顺便将每次运动都要挨一次斗的“地、富、反、坏、右”和他们的家属收罗出来，吃掉，彻底解决问题。到七月底自治区革委会筹委会下令禁止乱杀时，全区的““4.22”已不剩多少，不需要再杀了。总共杀了多少？仅桂平矿务局被杀的就多达数百名。全区被杀者接近10万。……
