上世纪末，在日本琉球列岛附近发现的一座海底遗迹，彻底颠覆人类文明的认知。
2007年，日本琉球大学地质学家木村政昭在一次学术会议上，认为在日本与那国岛附近海底发现的石头城遗迹，是一座如传说中沉入大西洋的亚特兰蒂斯岛上一样的古人类遗址。它可能是在2000年前一次大地震中沉入海底。这处遗迹的棱角分明，其中一个如金字塔形状结构矗立水中，另外还有一些碎石貌雕刻而成动物或者人像，许多日本科学家称其为日本的“亚特兰蒂斯”
这个发现之震撼，却导致了史学界和科学界的争议。
木村政昭认为，这处海底遗迹就是一座“亚特兰蒂斯”，后来，琉球大学成立了“海底考古调查队”，以该校海洋学教授木村政昭为核心，开始了对此地貌长达八年的调查。当初他的第一反应是自然形成的，但一次次潜入海底亲自勘查的的结果让他改变了这一想法。他说“很难解释他们的起源为纯自然形成的，因为有大量证据表明这些建筑有人类活动留下来的印记。”比如建筑的“阶梯”起始于它的正面，分别通往两片区域：向东通向“祭祀区”，向西通向“台阶区”。
整个建筑规模东西长约200米，南北宽约140米，最高处达约26米。从外形上看，令人联想到古文明的祭坛和神殿的遗迹。
2007年6月，木村政昭公布了他关于这座神秘遗迹起源的最新理论。他认为这是一个古文明废墟，其中最大一处建筑看似一个从水下25米处高耸而出的巨大的阶梯式金字塔。由长方形巨石构成，考古学家则认为，这可能是一个尚不为人知的石器时代文明的初步证据。如果这个断言成真，那么这个金字塔将比埃及最古老的金字塔——位于萨喀拉的阶梯式金字塔的建成时间早5000年。
从更多的图片中我们可以看出，与那国岛海底遗迹的主体建筑是一座台地结构。木村政昭说，“这个建筑可能是一座远古宗教的神殿，用来赞美某个远古的神。”围绕着它的是一条宽度在6米到50米的环形路，它以一道矮墙为界，只能通过墙上的一座拱形大门打开。在这条环行路之外，也就是在金字塔主体结构的周围，还存在着其他五座体积相对较小的建筑物。
此外在与那国岛东南海岸著名的“立神岩”下方海底，还发现高达数公尺的人头雕像，其五官及脸孔清晰可辨。这个到底是如何建造的呢？由于记载在10000多年前，人类尚无可能造出这样的纪念碑，所以这极有可能是一个不为人知的人类文明。
如果木村教授的结论是正确的话，这个海域所在的陆地露出海面的时间，至少是八千到一万年前，也即是最后一次冰河期的事情。这也就意味着，这个发达的文明至少存在于8000到10000年之前。
木村政昭还用实验证明：这些人头雕像是一处来自亚洲大陆文化遗址。
除了与那国岛南部之外，在与那国岛最西端的西崎海域也有重大的发现。1990年潜水人员在西崎海域海底22.5米处，发现了一个以岩石堆砌的金字塔。这个金字塔型结构宽183米，高27.43米，由长方形的巨石构成，总共有五层。而大金字塔附近还发现几座小的石墩，是由石板拼成阶梯状的袖珍金字塔，宽约10米、高2米。
一些专家则认为，这些建筑极有可能是传说中的太平洋“MU”文明留下的。这个称谓是由美国学者詹姆斯·柴吉伍德提出的“消失的MU大陆”。根据詹姆斯的说法，史前的太平洋全部区域，包括日本主岛、冲绳及台湾等，都还是正片连接的大陆，在一块比南美大陆还大的大陆上存在高度发达的“MU文明”。这个文明最后是由于地震而沉入海底的。
但是木村政昭的团队目前还是没有发现与人类活动有关的更为直接的证据。
