其中最值得重視的問題是，ＳＡＲＳ防疫過程中，黨、政與軍事體系不同步現象，嚴重暴露了當前中共黨軍結構中二元化的制度性問題。問題的核心在於，中共國家主席、黨的總書記胡錦濤沒有權力調動解放軍，而只有軍委主席江澤民可以親自批准。至多，身兼軍委副主席的國家主席兼總書記胡錦濤，只有建議權。
其實，這幾天，北京內部對於解放軍與江系人馬自外於ＳＡＲＳ防疫工作的不滿聲浪已逐漸高漲，甚至有消息指出，北京ＳＡＲＳ防疫網的解體已至於疫情一發不可收拾，北京的軍醫院負有不可推卸的責任。北京三○一、三○二、三○九三個軍醫院收容大量ＳＡＲＳ病患，卻始終自外於政府的醫療體系，而軍醫出身的原中共衛生部長又刻意掩飾軍醫院的疫情，才造成今日北京防疫之艱難。
日前美國「華盛頓郵報」發自北京的報導更透露，中共國務院總理溫家寶在巡視北京疫情時，曾批評中共解放軍隱瞞疫情。更早以前，解放軍醫出身的老軍醫蔣彥勇不惜嚴重違返軍紀，直接向美國「時代雜誌」透露北京解放軍醫院的內幕，亦說明瞭軍方的嚴重失誤。
嚴格的說，當前中共軍隊與地方分屬「軍、地」兩個系統，各有所屬確實易於出現不易協調之處，北京市政府無法管理北京的軍醫院僅為問題之一段，這在全大陸各地均是如此。問題的嚴重之處實在於，中共一再宣稱的「黨指揮槍」原則，在ＳＡＲＳ疫情中，已明確的看到解體的命運。北京市政府無法管理軍醫院，這問題還不算太大，最嚴重的是中共中央總書記、國務院總理也無法直接指揮北京的軍醫院。所有解放軍、所有解放軍的軍醫院，均聽中央軍委主席江澤民的。
形勢的發展已相當明顯，當前中共黨、軍二元化的結構，使中共國家與黨的最高領導人無權指揮軍隊，在防治ＳＡＲＳ方面事小，權力結構的二元化問題事大。
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