以道光帝為首的清朝最高統治當局昏庸無能，平時既不講求治兵之道，也不深研戰守之策。國防布局，因循防內重於防外的舊章，沿海兵寡力弱，又無戰略機動部隊。往往抽兵數千，牽動數省；且千里赴援，遠水近火。戰火臨頭，既不知敵，又不知己，倉卒應戰，自然無法實施正確的戰爭指導。戰爭過程中，清廷先則輕敵如蟻，繼則畏敵如虎；對於戰守大計，只能籠統地提出什麼「先威後德」、「大張撻伐，聚而殲旃」、「沿海一體嚴密防範」之類的陳詞濫調，提不出任何切合實際的戰略方針和作戰原則。可是，軍政大權卻又高度集中，和戰大事操於皇帝一人之手。前線作戰，事無鉅細，都決策於北京，而當時通信不便，上下情況隔膜，前方將帥無權根據具體情況機斷行事，即使朝廷作出的決策明顯落後於形勢，也不得不遵照執行。道光帝顢頇無能，主觀隨意，時而言戰，時而乞和，時而增兵，時而裁撤，弄得下面無所適從，嚴重地束縛了前方將帥的手腳。加之清廷對全國的戰事又缺乏統一及時的指揮，以致各戰區常常出現各自為政的現象，使英軍有機可乘。
清軍將領軍事思想保守落後，戰術呆板，指揮笨拙，只知消極防禦，不善於靈活擊敵。英軍雖有「船堅炮利」之長，但孤軍遠征，不耐久戰，更不利於深入內河內陸。當時有識之士有鑒於此，曾提出過引敵深入內河內陸，伺機予以奇襲、火攻等戰法。無奈前線大吏和將領多數隻知株守炮壘，待敵進攻，不知巧布險勢，出奇致勝；只會一線設防，不知縱深機動。英軍沿海沿江登陸進攻，多是利用清軍設防的弱點，以艦炮正面轟擊，以登陸兵側翼上陸，行包圍攻擊。清軍前敵將領不知認真研究敵人的登陸戰法，改進自己的抗登陸戰術，以致屢蹈覆轍。倘能以炮壘為中堅，設奇兵於側後，待敵迂迴接近時，出其不意地伏擊或反擊之，則不難收破敵或挫敵之效。英軍深入廣州和浙江慈溪等地時，兵單勢孤，清軍有過不少殲敵良機，卻非但未能乘機殲敵，反為英軍所敗。前線將領指揮如此笨拙，豈有不敗之理？！
受清王朝腐敗政治的影響，加上承平日久，清軍不僅武器落後，而且軍紀廢弛。將弁多同文官一樣，養尊處優，耽於安樂，不理營務。他們或坐吃空名，冒領軍餉，或勾結煙販，走私販私。軍中酗酒吸毒、聚賭挾妓者比比皆是。遇有軍事行動，公開勒索地方，強拉伕役，苛征暴斂，甚至強取豪奪，殺害良民。加以清朝統治者一向重八旗而輕綠營，造成軍內矛盾，而駐守各省的軍隊調往有事省區時，又出現「主軍」（本地軍隊）與「客軍」（外省軍隊）的矛盾。這些矛盾往往發展成尖銳對立，遇戰互不救援，見利競相搶奪，彼此爭功諉過，甚至自相廝殺。
此外，清軍不但平時欺壓人民，在外敵入侵的情況下依然與人民群眾站在對立的地位。英軍每入侵一個地方，當地的人民群眾便紛紛起而自衛，打擊敵人，表現出極大的抗戰積極性。可是，清廷和各地統兵大員，除林則徐等極少數有識之士外，一般都仇視人民。他們動輒誣蔑沿海地區「到處漢奸充斥」，聲稱「患不在外而在內」，甚至濫殺無辜。由於無視人民群眾的偉大作用，對於像臧紆青所建議的軍民結合、游擊戰與正規戰結合的「散戰」之法，自然不可能付諸實施。更有甚者，每遇征戰，軍隊便藉機向人民群眾敲榨勒索。在浙東反攻作戰前，有的旗兵竟「沿途擄丁壯，掠板扉，以四民抬一兵臥而入城」。軍隊紀律如此敗壞，不僅很難得到人民群眾的支援與配合，其戰鬥力也勢難維持。
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