近年來，Linux在企業和政府部門中的應用越來越廣泛，特別在亞洲地區，它已經給長期壟斷市場的Windows操作系統帶來了巨大威脅。
巴爾默在新加坡舉行的微軟亞洲政府領導人論壇上表示，Linux侵犯了至少228項專利，不過他並沒有明確表示侵犯了哪些專利。他說：「對於那些已經加入世界貿易組織的國家而言，使用Linux就意味著有一天會有人過來向你收取專利費。」從某種程度上說，巴爾默的這一番話並危言聳聽，今年年初SCO就曾經對多家使用Linux的公司提起訴訟。
新加坡國防部上個月在自己的2萬臺個人計算機都安裝了開放源代碼軟體，取代了原來的微軟操作系統。亞洲的其它幾個國家正在開發自己的開放源代碼軟體，例如中日韓三國今年年初達成協議，將聯合開發基於Linux的操作系統以取代微軟的產品。其中，中國政府更是將對微軟產品的依賴視為巨大的威脅，有安全專家認為微軟操作系統中可能含有後門，一旦發生戰爭，美國政府就可以通過操作系統的後門進入中國網路，甚至造成網路癱瘓。
巴爾默表示，有些國家政府對於微軟軟體的擔心完全是杞人憂天。他說：「我認為微軟的軟體要比開放源代碼軟體安全得多。我們的產品之所以安全主要是因為它背後有一家強大的公司提供支持，但誰也搞不清楚開放源代碼軟體是誰開發的。」
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