南懷仁深得康熙皇帝的信任，常要他講解西方數學、科學及人文地理方面的知識，並授予他從一品頂帶。南懷仁於1688年逝世，埋葬在利瑪竇和湯若望的墳墓旁邊。康熙繼續重用天主教傳教士主持「欽天監」的工作，並請幾位法國耶穌會修士為自己和皇子們講授西方天文、地理、數學、科學、人文及宗教知識。這幾位傳教士在寫回本國的書信中，都樂觀地認為康熙皇帝已經接受天主教信仰，他下令全中國人民皈信天主已然是指日可待的事，沙勿略(FrancisXavier)和利瑪竇等人理想中的「東方康士坦丁大帝」即將出現在「中央帝國」(TheMiddleKingdom)。康熙是否準備皈信天主教，仍可存疑。但從他所作的七言律詩【基督死】的內容看，他對福音書的信息顯然有著相當深入的瞭解，耶穌基督的事跡也明白無疑地打動了他的心。請看他的詩是怎樣寫的:
基督死
功成十字血成溪，
百丈恩流分自西。
身裂四衙半夜路，
徒方三背兩番雞。
五千鞭撻寸膚裂，
六尺懸垂二盜齊。
慘慟八垓警九品，
七言一畢萬靈啼。
這首詩把主耶穌受難的事描述得十分完備，文字簡潔、生動。如果沒有熟讀聖經，絕對寫不出來。十字架、彼得三次不認主、鞭撻膚裂、與二盜同死以及「十架七言」等，都有所交代。詩中特別引人注意的是「百丈恩流分自西」一句，的確表明康熙有讓中國人民同西方人民一道分享基督寶血所成就的「百丈恩流」的心意。 所謂「禮儀之爭」及其後果
康熙幾乎接受了天主教信仰，這點在他所寫的【基督死】一詩中表達得十分清楚。不過，他所願意接受的天主教信仰，就是利瑪竇所闡釋的，與中國的儒家禮教相融合的天主教。其中最有指標性意義的，就是對祭祖和祭孔的態度。利瑪竇在深入瞭解中國的社會文化之後，清楚地認識到祭祖和祭孔在中國人心目中近乎神聖的地位。對於普通老百姓來講，祭祖是他們最重要的宗教活動，也是他們維繫家族傳統的有力手段。而祭孔則是當時國家體制中的盛大慶典，與朝廷科舉選士制度緊密結合，對於維護皇朝官僚統治體制的傳承，有著無可代替的功用。因此，祭祖和祭孔是關係到整個皇朝統治基礎的大事，是無論如何都不能廢棄的。
利瑪竇看清了這個問題的重要性，所以就想要繞開這個阻礙中國人，特別是阻礙士大夫和上層貴族接受天主教信仰的問題。利瑪竇借用中國古籍中的「上帝」一詞指稱聖經中的創造主耶和華神。他指出祭祖和祭孔只不過是表達人們對祖先和古聖先賢的懷念及感恩之情，就像西方人去墓地向故人獻花憑弔一般，並沒有什麼屬靈的意義。他甚至認為供在家裡的祖宗牌位和孔廟裡的孔孟牌位，都只是祖先和聖賢的象徵，並沒有鬼神或靈魂附在其中。因此，他認為中國人信仰天主教之後，仍然可以參加祭祖和祭孔的典禮，只要他們心中不把所祭拜的對象看成神靈，也不敬獻供品就可以了。
自利瑪竇提出以上解釋之後，在華傳教的耶穌會修士都認同他的做法。他們這種對中國傳統禮儀妥協的態度，得到康熙皇帝的讚賞，這也是他得到朝廷保護的關鍵所在。然而，繼耶穌會之後來華傳教的其他宗派中，有很多並不認同利瑪竇所作的闡釋，因而一方面在中國與耶穌會爭辯，另一方面也去歐洲散佈攻擊耶穌會流言，尤其是屢次上書給教宗，要求就所謂「中國禮儀問題」作出裁決。當時的教宗先是按多明我會(Dominican)和方濟格會(Franciscan)修士的告訴否決了耶穌會的作法(1645年)，後來又接受耶穌會的申辯，認可了他們的作法(1656年)。但是，反對派卻一直不服，不斷抗爭。耶穌會也努力維護自己的立場，並要求康熙作出裁定，康熙亦於1700年11月30日宣布了他對耶穌會的支持，並將敕文寄給教廷。結果，教廷卻認為耶穌會讓一位世俗君主裁定教會事務是很嚴重的錯誤，因而新教宗格勒門十一(ClementXI)於1704年11月20日正式發出諭令，禁止用「上帝」一詞稱呼造物主，禁止中國信徒祭祖祭孔。1705年，教宗特使多羅(CharlesMillarddeTournon)，要求康熙允許中國信徒遵守「禁約」。康熙先以禮相待，後來因對方態度頑固而發怒，將多羅驅逐出境，軟禁在澳門的一處修道院裡，直到病死在那裡。
教宗又於1715年宣布諭令，再次強調中國信徒不可祭祖祭孔，不可用「上帝」一詞，並再派特使嘉樂(JeanAmbroseCharlesMezzabarba)來華，試圖說服康熙。嘉樂於1720年11月25日抵達北京，康熙於12月2日召見，次日又設宴款待。12月17日再次召見，明確答覆他拒絕教宗諭令，並在教宗諭令上朱批說:「以後不必西洋人在中國行教，禁止可也，免得多事。」嘉樂遂被驅逐出境。
1722年康熙逝世，雍正繼位後採取了更加嚴厲的禁教措施。從此以後，在一百多年裡，清廷嚴禁西方傳教士進入中國，直到鴉片戰爭西方列強用大炮轟開中國國門為止。這其間只有少數天主教宣教士秘密進入中國，在各地活動，信徒人數也大幅度下降。
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