半個多世紀以來，黃萬里以學識淵博、觀點獨到而蜚聲中外，更以敢講真話、仗義執言而在學界獨樹一幟。從這個意義上說，黃萬里的離世意味著，在國內重大水利工程討論上，另一種聲音的消失
2001年8月27日下午3時5分，在清華大學校醫院一間簡樸的病房，90歲的黃萬里先生溘然而逝。
黃萬里，清華大學水利系教授，著名水利工程專家。自1937年留學歸國起，傾畢生心力於國內大江大河治理。
9月4日的追悼會上，他的一位學生告訴記者：在國內水利學界，多年來，黃萬里代表著科學家的良心。
他當年的助教回憶說，黃先生最大的特點就是為人耿直，敢說敢言，不管什麼時候，不管針對誰，他都是照說不誤，有時可以說是口無遮攔。在他對三門峽工程的意見中，這種性格得到了體現。
1957年6月，由周恩來總理主持，水利部召集70名學者和工程師在北京飯店開會，給前蘇聯專家的方案提意見，談看法。參加這次會議的所有專家學者，除了一位名叫溫善章的人提出改修低壩外，只有黃萬里一人，從根本上全面否定了前蘇聯專家的規劃，其餘的人異口同聲，贊成三門峽大壩上馬，認為三門峽大壩建成後，黃河就要清水長流了。研討會開了10天，黃萬里參加了7天，也辯論了7天，到最後，會議就成了以他為對象的批判會。
孤身反對三門峽工程，被劃為「右派」
1957年上半年，三門峽工程即將開工。黃萬里在水文課堂上給同學們講述了他對三門峽工程的看法，一是水庫建成後很快將被泥沙淤積，結果是將下游可能的水災移到上游成為人為的必然的災害。二是所謂「聖人出黃河清」的說法毫無根據。因為黃河下游河床的造床質為沙土，即使從水庫放出的是清水，也要將河床中的沙土挾裹而下。在課堂上，他對「聖人出黃河清」的說法甚為不屑，使人覺得這種說法實出於政治阿諛而缺乏起碼的科學精神。
早在 1956年5月，黃萬里就向黃河流域規劃委員會提出了《對於黃河三門峽水庫現行規劃方法的意見》。這篇文章刊於《中國水利》1957年第八期，並收入了《三門峽水利樞紐討論會資料彙編》（1958年4月水利電力部印）。意見書全面否定蘇聯專家關於三門峽水庫的規劃，而不是只在個別問題上持不同意見。在反右期間，向一個黨支部書記提意見就是「反黨」。指名道姓地說鄧子恢副總理的報告「不正確」。光這一句話就夠右派了。
1958年 11月25日，三門峽工程開始黃河截流。1960年6月高壩筑至340米，開始攔洪，同年9月關閘蓄水攔沙，是年潼關以上渭河大淤，淹毀良田80萬畝，一個小城被迫撤離。庫內的水位在漲，庫區的農民一批批揮淚踏上離鄉背井之路。這一切不幾乎都在黃萬里的預見中嗎？其實，黃萬里只是本著科學家的良知，說出了關於黃河及泥沙與三門峽大壩問題的科學的真話，可是他被非民主決策擊敗了，他成了「反黨反社會主義的右派份子」。
於是三門峽工程改建的「兩洞四管」方案確立。改建的四條鋼管於1966年7月投入運用，增建的兩個隧洞分別於1967年8月、1968年8月建成，水庫淤積開始減緩，排沙能力依然不足，潼關以上河床「翹尾巴」淤積還在繼續。
事實雖證明真理在黃萬里一邊，但令人傷心的是，有些人反而遷怒於提出正確意見的黃萬里。1961年，黃萬里「奉命在密雲勞動，與昌黎民工同居同食同勞，所居半自地下掘土筑成。」「文革」中更貶他到三門峽挖廁所以示懲罰。
三門峽工程的一切問題和災難都按黃萬里的預言來了。我們從這一重大失敗中總結教訓，可以使我們獲得大量思想資源。但傳統文化的慣性卻導致一些人要隱瞞真相，歪曲事實，混淆是非，為自己、為大人物、為尊者，文過飾非。
六次上書中央談三峽問題
1980年2月26日，在度過了22年半的右派生涯後，黃萬里終於獲得了右派「改正的決定」。決定只有短短几行，稱：「黃萬里同志原劃右派問題屬於錯劃。經中共北京市委批准予以改正。恢復政治名譽，恢復高教二級教授的工資待遇。」
經歷了20多年的冤屈鎮壓，黃萬里仍沒學會看政治風向表達學術觀點。從上三峽大壩的消息傳出後，黃萬里就先後給眾多國家領導人上書，不遺餘力地反對在長江三峽上建大壩。
他認為：從自然地理觀點，長江大壩攔截水沙流，阻礙江口蘇北每年十萬畝的造陸運動；淤塞重慶以上河槽，阻斷航道，壅塞將漫延到瀘州、合川以上，勢必毀壞四川壩田。目前測量底水輸移率尚缺乏可靠的手段，河工模型動床試驗在長期內長段落中尚欠合理基礎，只可定性，不能定量，不足以推算長江長期堆積量。故此而論，長江三峽大壩永不可修。如果是為了發電，可在雲貴湘鄂贛各省非航道上建大中型電站，它們的單價低、工期短，經濟效益比三峽大壩發電要大四倍以上。就流域經濟規劃而言，也應先修四川盆地邊緣山區之壩，如烏江電站等為宜。
此外，從國防的角度看，大壩建起來後無法確保不被敵襲，也很不安全。黃萬里預言：「三峽高壩若修建，終將被迫炸掉。」同時，他還指出，公布的論證報告錯誤百出，必須懸崖勒馬、重新審查，建議立即停止一切籌備工作，分專題公開討論，不難得出正確的結論。
1986年，中共中央、國務院決定對三峽工程進行論證，黃萬里教授沒有被邀請參加工程論證。黃萬里數次給中央領導人和政治局，國務院總理、副總理、國家監察部寫信，痛述三峽工程的危害。要求中央決策層給他半個小時的時間，陳述為什麼三峽工程永不可建的原因。但沒有答覆。
黃萬里晚年病重昏迷中仍喃喃呼出：「三峽！三峽，三峽千萬不能上！」2001年8月27日，他帶著無盡的遺憾離開了人世。
黃萬里報憾辭世
「聖人出，黃河清」是封建時代的人文思維，帶有讖緯迷信色彩，在嚴肅的科學論證面前，本來上不得台面。但當時的某些參與決策者，竟然將這種腐朽觀念奉若神明。蘇聯專家不會懂得這個掌故，肯定是中國人才會搬出這種錯誤的人文思維作為武器，為錯誤的技術思維開路。該工程當時沒有問責制，如今要想問責，主要決策者已經不在了，剩下幾個技術官僚和科學「泰斗」，在責任上「顧左右而言他」，肉爛嘴不爛。
在既有三門峽和阿斯旺的前車之鑒、國內也存在眾多反對意見的背景下，三峽工程議案於1992年被七屆人大五次會議以1767票通過，反對177票，棄權664票，贊成票數之少，在人大歷史上是空前的。
國家機器需要「標準件」，「獨立思想者」如黃萬里教授者，在歷次政治運動中紛紛落馬，或被棄置不用，形成了人才選拔上的「精英淘汰制」，這就為好用聽話的「標準件」入選創造了條件。經過「文革」對文化、道德的摧殘，急功近利的技術思維逐漸佔據上風，也就不足為怪了。
三門峽工程不足四年就現世現報，水利工程逐漸變成了「水害工程」。在難以逆轉的生態災害形成之後，如何恢復生態，能否拆除這個廢物，就成了誰也負責不了的「老大難」。誰又能夠想像，將來三峽工程正式退休以後，後代子孫該如何為它老人家送終？
黃萬里在有生之年，看到自己對三門峽的意見不幸言中，痛心疾首，反覆叨念：「他們沒有聽我一句話！」晚年病重昏迷中喃喃呼出：「三峽！三峽，三峽千萬不能上！」帶著無盡的遺憾離開了人世。如今三峽工程竣工，庫區清污成本和長江航運成本劇增，已是不爭之事實。據三峽工程防汛辦提供的氣象資料顯示，「今年（編者按：指2005年，下同）4月份三峽壩區天氣複雜和劇烈變化程度為近50年同期所少見」，請看《中國三峽工程報》的報導：「今年4月三峽壩區氣候反常。氣溫並沒隨夏季的到來逐漸上升，反而呈下降趨勢。4月末平均氣溫不足12攝氏度，4月中旬周邊山區還出了較大範圍的降雪，月內有3次降溫過程，溫差升降劇烈、顛倒錯位的現象嚴重。另外，4月份全月降水量為236.5毫米，破壩區近10年降水量最高記錄，破宜昌地區近118年同期降水量最高記錄。」
三峽庫區地質環境複雜，暴雨、洪水頻發，自古以來就多滑坡。三峽大壩壩址附近區域為堅硬的花崗岩，向上游則多以碎屑岩、碳酸岩為主,包括侏羅紀遺址的粉砂岩。地質容量、環境容量的天然不足，僅國土資源部查明的滑坡就有2490處。近兩年我國南北氣候反常，今年重慶地區大雨滂沱，多處發生山體滑坡。這些現象是否與生態上的變異有關，雖有待專家們繼續觀察論證，恐怕也無須久待。
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