解放軍總裝備部部長常萬全擔任。中共前總書記的兒子，中國科學院副院長江綿恆此次擔任副總指揮。
據報導，"神七"的指揮團隊有五人，呈"一正四副"格局，總指揮由中央軍委委員、解放軍總裝備部部長常萬全擔任。四名副總指揮分別為總裝備部副部長張建啟中將、中國航天科技集團總經理馬興瑞、中國科學院副院長江綿恆、國防科工局副局長兼國家航天局局長孫來燕。其中後二人是"神六"指揮班子成員。
張建啟中將被認為是中國軍隊中最精通航天技術和核工業的高級將領之一，據瞭解，他是統籌"神七"工作的主要負責人和常務副總指揮，在總裝備部四位副部長中分管航天工作。"神七"飛船運抵酒泉等各項主要活動，均由其牽頭。
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