楊尚昆對六四事件的保留態度，早有流傳，率先對外媒揭露北京瞞報非典病例的解放軍301醫院前院長蔣彥永，2004年給中央寫信中披露楊在與他兩人談話時的明確表態，最引起震動。而在杜導正《趙紫陽還說過什麼？》一書中，更得到了印證：
鄧南巡講話及6月兩次去首鋼（首都鋼鐵公司）講話，都說明鄧對江澤民（時任中共中央書記）、李鵬體制很為不滿。給人印象：要解決江、李。江、李那個時期， 惶惶不可終日，許多工作也停下不做了。此時，楊尚昆、萬里誤以為鄧（小平）換江（澤民）、李（鵬）的決心下了，便做出以楊（尚昆）為首組成中共中央顧問小 組決定，以代替鄧過世後做「最高權威」。萬里也在政治局會議上當眾說，「鄧小平說，基本路線一百年不變。便是說有人要變！」
「十四大」前，鄧權衡了利弊諸多因素後，看來最後下決心是，主張的傾向性有了變化。鄧先傾向於撤換江（澤民）、李（鵬），後改為江（澤民）、李（鵬）不動。
鄧此時看來主要考慮以下兩個大問題。不僅此時，恐有長時間了。第一個問題，他身後，中國改革開放事業能否堅持下去？即能否繼續下去？否則，他主張的改革開 放錯了，會有人起來批判他，將他定為罪人；第二個問題，他身後會提出「六四」問題，鄧究竟錯了？對了？負什麼責任。這兩個問題中，看來，鄧想得多的是第二 個問題。因為改革開放，說世界大潮，中國絕大部分人支持這個主張，別人反鄧，很困難。這 「六四」非同小可。如你所說的中國幹部、知識份子對這個問題絕不會淡忘。這個問題太大了。鄧內心是知道這個問題的份量的。在「六四」問題上，李鵬不用說 了，江，在上海也是有賬的，《世界經濟導報》事件便是江搞定。鄧以為，維持江、李體制，「六四」問題在鄧身後，大家不能提出。既然做了這種估計，尚昆自然 失算了。尚昆與江分歧由來已久，此次當然尚昆要下臺了。當然，尚昆如是在過去與江關係好些，對江尊重些，尚昆此次不至於處境如此悲慘。
我說：「《解放軍報》一、二、三、四把手因將江澤民給美國記者談話內容稿登四版，此種事已三、四次了，前幾日被軍委下令全部免職。」說到此處，趙說：「尚 昆自以為得到軍內外老同志尊重，但老同志如張愛萍、蕭克、楊勇……全反對他！」(杜導正《趙紫陽還說過什麼？》P48)
1995年6月16日，楊尚昆、楊白冰在山東視察工作與村民合影。
楊尚昆失算，張愛萍、蕭克、楊勇全反他
楊尚昆對六四不堅決，鄧產生了疑心
中午過後不久，杜瑞芝同志來坐。他說，10月14日上午我去看望了趙（紫陽同志）。我靜靜地聽他講，偶然插幾句話。
杜說：「楊氏兄弟突然失寵，簡直一抹到底，近因是在鄧處，楊尚昆說：‘我下，楊白冰上，進入政治局常委。’此話引起大家與鄧的反感。遠因是對‘六四’，楊尚昆不夠堅決，鄧有懷疑，對楊產生了疑心。」
杜說：「趙說，鄧是絕對專權的思路，鄧認為在中國這樣的國家，如無個人專權、獨斷，無一政黨專權獨斷，天下便要大亂，什麼事情幹不成！鄧常說，只能一個婆婆，不能有兩個婆婆。鄧在這點上是非常明確、非常堅決的，絕不含糊的。」
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