以往每一次中共最高会议，鲍彤都以政治局常委会政治秘书的身份参加。但四月下旬的高层会议，便没有再通知鲍彤参加。所有文件的起草也不再让他过目，甚至连阅读文件的权利也被剥夺，直至五月二十八日将他秘密逮捕。
对于他的秘密逮捕过程，对外界来说一直是一个谜。后来鲍彤自己是这么说的，“有人以为我是六 四以后被捕的，实际上我是在六四前一个礼拜，五月二十八日就被捕了。当天，有人说，政治局常委叫我去开会，我一去就被送到秦城监狱了。我不知道这是什么地方，只是想，可能这是秦城吧。我问，这是秦城吗？回答说，是的。”
“公安人员没有出示逮捕证。我立即向他们要三个文件，一个文件是党章，一个文件是宪法，还有一个文件是刑法及刑事诉讼法。他们到三十号给我拿来了上十一号我就写了一封信，我给中共中央常委写信，给中共中央政治局写信上封信我是请当时监狱转交给一个政治局委员，请他转交给常委的。这是我到秦城的第一封信，我在这封信里说，我想不到在三中全会以后的今天，居然出现这样一个局面。我认为在整个过程当中，犯法的不是我，犯法的是执行法律的那些机构。我说，我想不到我今天受到的待遇不是党章对待党员的任何合法的手段，也不是国家法律所规定的对待一个中国公民所应该采取、能够采取的正常的手段，而是非法的手段。”
“我在秦城里边，总共向中共中央常委写了三封信；这三封信我送上去以后石沉大海。这三封信都指责他们违犯了中华人民共和国宪法，中华人民共和国的刑法，也违犯了他们自己党的党章，没有一个人为他自己做辩护，他们说不出任何理由说我讲的哪一句话不是事实。十一届三中全会以后做了一系列的决定，其中包括党内政治生活准则，这是中共中央的一个决定，说今后不冉用超越党章跟超越法律的手段来对待党员。但是对待我，恰恰采取了这样的手段。”
“这是一个笑话：当我在监狱里边已经呆了三年的时候，才向我出示逮捕证，时间是一九─九二年一月。世界上有哪一个国家出现过这样的问题？这个人还没有逮捕，已经在监狱里面坐了三年牢了，这不可笑吗？那就是说，当他所谓拿出逮捕证以前，他根本找不到任何逮捕的理由。”
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