据介绍，三峡库区二期蓄水后，三峡库区出现了许多环境保护、水环境安全方面的新难题。诸如水土流失严重，重庆及四川等上游地区巨大的水土流失，淤积到三峡库区成为巨大的水环境安全隐患；三峡成库后，水流大大减缓，水流不畅，库区水质日趋富氧化，再加上长江、嘉陵江上的次级河流，水源污染严重，致使库区水质安全受到更加严重的威胁；三峡成库后，水流不畅，大量漂浮物淤积库区，严重影响库区水质，再加上库区环境保护、污染治理的基础设施较差，致使库区环境保护、污染治理难度增大。
为解决库区污染和水质安全问题。重庆市政府在保护和治理库区环境污染方面做了大量工作。如在2003年及以前已完成了库区17座污水处理厂，13座垃圾站的建设及投入使用；加大对库区地质灾害治理的力度，129处崩滑体、52段库岸、1252处高切坡等地区灾害治理项目均已完成；同时，已完成退耕还林（还草）500万亩，新增城市公共绿地200公顷，全市森林覆盖已达到27．1％；主城区排水工程、净水一期工程均已开工，且进展速度较快；还有“五管齐下”的净空工程大力实施等，重庆在库区环境保护、污染治理方面已下了很大功夫。
为真正做到让重庆及整个库区天空朗朗、河水清清，重庆市政府决定从今年开始，采取水土流失治理、防污整治、调整合理产业布局、建立长效库区清漂治理机制，加强库区管理等五大项措施，投资200亿元，上马190个环境治理项目。主要有建成鸡冠石和唐家沱污水处理厂及污水截流干管工程，完成万州申明坝、巫山、渝北等8座污水处理厂以及三峡库区沿江12个重点小城镇污水处理厂、垃圾处理场建设，实现黑石子、同兴垃圾处理场主体工程投入使用。开工建设主城区及影响区17座污水处理厂、15座垃圾处理场，以及三峡库区18个沿江小城镇污水、垃圾处理项目。
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