2005 年以来陆续有关于黃菊的病情报道，称其患有胰腺癌，“恶性肿瘤是在胰腺的交叉部位”，而且已经扩散。近一年来，在北京动了两次手术，又於去年9月转赴上海中山医院中西医结合进行保守治疗。年初以来病情重新恶化，癌症已经转移到肝臓，两次实施抢救。他分管的国企、交通、安全等等工作已经逐步移交、分摊给了曾培炎、吴仪等人。4月底又得知黄菊从上海被接返北京，入住解放军301医院高干病房，实施抢救。
很长时间以来民间有传闻称，黃菊亲友涉嫌官商勾結、枉法敛财。黃菊病重，不可避免地要影响到中国高层人事的进退。有人认为这也就是黃菊在今年3月的“两会” 期间，拼了老命也要出来亮相的原因之一。但是，自然规律不可抗拒，“拖得过初一，拖不过十五”，北京消息人士透露，他确实时日无多。如果黃菊确实如传言所说，拖不到中共十七大，他将是中共第四代决策层中首位病故于在任岗位的政治局常委、委员。
胡温执政以来，因病去世的省部级高官，已经有商业部长吕福源（2004年去世），山东省副省长蔡秋芳（2005年去世，年仅49岁）；国家安全部副部长丁人林（2005年去世）；陕西省政协主席艾丕善（2006年去世）；中央军委委员、海军司令员张定发（2006年去世）；中纪委副书记、监察部长李至伦（2007年去世）。
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