到了隋文帝杨坚当政之时，他久闻孙思邈大名，便以十车锦绢、千两黄金为礼，命关中太守亲自登门前来聘请年逾六旬的孙思邈担任国子监博士一职。孙思邈还是拒绝了他的聘请。同时，他劝一同在太白山隐居治学的青年儒士魏征道：“老夫以为三十年后必有英主贤君出世扫平秽乱，开创太平盛世。那时，才是你我出山助他济世安民之日！魏公子须当及时下山游学天下，增才进德，为将来胜任一代良相而努力储学备用！”魏征一听，茅塞顿开，当下便告辞了孙思邈，下山求学而去。
果然，三十年后，隋朝覆灭，唐王李渊建立唐朝，让位于年方弱冠的秦王李世民，史称“唐太宗”。李世民励精图治，任贤使能，以魏征为谏臣，广开言路，从善如流，开创了一代盛世“贞观之治”。不料，贞观七年之冬，唐太宗突然得了一场大病，咳喘不止，呕血如丝。宫中太医联手诊治，用尽了药石之方，却始终不见疗效。最后，长孙皇后只得下诏，发榜命天下各地名医速速起赴京入宫诊治，治病有效者将予以重赏。然而半个多月过去了，揭榜而来的名医个个都对李世民的病束手无策。时间一天天过去，李世民的病情也越来越严重。正在众人一筹莫展之时，尚书右丞、太子太傅魏征忽然忆起隐居于太白山的神医孙思邈，当即吩咐下人前去准备车马干粮，意欲亲自赶赴太白山去请孙思邈。
就在此时，忽听看门人来报：“府门外有一老者求见，自称是魏大人的故交，来自太白山。”魏征一听，真是喜出望外，他便急忙随仆人一道奔向前门迎接。果然，门前立着的老者，正是一代神医孙思邈。想不到时隔三十年未见面，孙思邈虽已年近百岁，却仍是精神矍铄，举止轻健，目光炯然如炬，令人一望而生钦敬之情。
魏征疾步迎上前来紧紧握住孙思邈的手，激动地说道：“孙先生，三十年前太白山一别，魏征一直思念得很哪！今日相见，实乃大喜过望。”孙思邈脸上表情却如一泓古潭，水波不兴，平静恬淡，从容平和，他缓缓说道：“魏君如今是良驹得伯乐，遇上了一代圣主明君，日后必当以旷世贤臣之清誉而流传史册。”魏征连称不敢，忽又深深一叹，神色黯然，苦笑着说道：“当今圣上确是尧舜再世的一代明君，只可悲天妒英杰，不欲使黎民久享太平，以致圣上猝获重病，令我等忧心如焚！”孙思邈一声长笑，抚须说道：“魏君勿忧，老夫此番下山，正是为救当今圣上而来。”魏征一听，急忙道：“既是如此，事不宜迟，就请孙先生与魏某一道速速进宫救驾！”孙思邈点了点头，便与他一道上马入宫而去。
在李世民卧病的怡心殿内，文武百官、四方名医一个个立于他病榻之前，抓耳挠腮，无计可施。正在此刻，却见魏征带着一位鹤发童颜、仙风道骨的青衣长者疾步而入，推开人群，直奔病榻。长孙皇后迎上前来，惊问：“魏大人，请问这位先生是何方神医？治得了陛下的病吗？”魏征躬身行礼，肃然答道：“这位先生乃是太白山神医孙思邈，一身医术超凡入胜，实有起死回生之能。臣敢以全家性命力保孙先生，必能救得了皇上，就请皇后娘娘屏退众人，让孙先生为圣上好好治病吧！”
长孙皇后素来知他刚直诚朴、从不妄言，听他这话说得坚定有力，便信了他，一挥手让在场其余诸人尽行退了出去，只留下孙思邈、魏征在殿内。孙思邈缓步来到李世民病榻之前，只见他面白如纸，目光无神，半昏半醒，气息奄奄。孙思邈伸手把了李世民的脉，顿时变得面色凝重，他立刻从袖中取出三根七寸五分长的细长金针和四枚晶莹明润的白玉钉，一一打入了李世民前胸“玄机穴”、双肩“肩井穴”、项上“百汇穴”等七个穴位。“不可造次……”长孙皇后正自惊呼失声之际，只听得李世民一声轻咳，醒了过来，睁开双目，看着面前三人。
魏征和长孙皇后一见，均是大喜。而孙思邈依然是一脸的凝重，缓缓说道：“陛下，现在终于让您清醒过来了。您的病情虽暂时被制住，但体内病气已侵入脏腑，若要彻底根除，还有些困难。”
李世民见孙思邈气宇清奇、神采奕然，知是得道神医无疑，当下谢道：“多谢老先生相救，至于治疗朕之疾病有何难处，且请老先生如实道来。”孙思邈沉吟片刻，说道：“天子之病与凡人之病不同。凡人之病，不过寒暑温饱之失调、阴阳五行之失衡所致。天子之病，却是与国运气数息息相关。国运气数有损，则天子生病；国运气数无损，则天子无病。陛下这场大病，实非庸医凡人可治，唯有修身养德、顺天济民才可。”李世民听了，沉吟着说道：“老先生所言，朕听了很是心悦诚服。那么，究竟如何才可治得了朕这场大病？老先生但讲无妨。”
孙思邈站起身来，沉思着在殿内缓步踱了一圈，然后回到李世民面前，道：“老夫入宫之时，看到朱雀门前一片空地，此乃皇宫风水有缺之相。若陛下要治好这心腹之疾，须得在朱雀门上建造一座宫殿方可。”此语一出，长孙皇后忙道：“这有何难？待臣妾即刻吩咐下去，今日便可破土动工了。”却听李世民忽然大呼了一声“慢，”止住了长孙皇后，转头向魏征问道，“魏卿，新建一座宫殿须得花费多少银两？”魏征只得嗫嗫地说道：“臣估计大概需要十余万两白银。”李世民听罢，摇了摇头，肃然道：“昔日汉文帝不为百金之台而损民财，今日朕也不会为区区一场疾病便大兴土木、劳民伤财。这个治病之方不能用，还请老先生再为思量。”
孙思邈听李世民这般回答，倒是颇有几分意外，他又抚须沉思半晌，又道：“既不能大兴土木，那就只有请陛下举办泰山封禅祈福之盛事来冲掉病灾了！”李世民一听，又是摇头，连连反对：“朕即位以来，时时如履薄冰，怎敢自比尧舜而施泰山封禅祈福之盛事？老先生这一方法亦断不可行！”
孙思邈听到这里，脸上微微露出了笑意，他说道：“前边两件事，本是治病良方，陛下均不能答允施行。那么，老夫最后这一件治病之方，只怕陛下也不能采用了！”“老先生，并非朕不愿采用，而是您所讲的治病良方，尽是损民乱政之举，朕实不能从。”唐太宗叹道。长孙皇后却是急得流下泪来，对孙思邈说道：“老先生切勿耽搁，还是将第三个治病良方讲出来吧！”孙思邈面色凝重，一字一句缓缓说道：“这第三个病方，就是请陛下下旨，自今日起，免除天下百姓三年的赋税！”
顿时，大殿之内，一下静了下来。魏征、长孙皇后都默然无语地看着李世民，等待着他发话。孙思邈却是面不改色，昂然而立，毫无怯退之情。终于，李世民的脸上慢慢漾开了笑意，他正视着孙思邈，释然说道：“老先生这一良方深得朕心。魏征，你马上拟旨，自今日起，免除天下百姓五年的赋税！”
“五年？”魏征以为自己听错了，却见李世民向他点了点头，神色十分坚定：“五年！天下百姓近年来饱受战乱之苦，朕时常叨念不已，甚是悲悯。今日多谢孙先生一语点醒，帮朕下了这个决心！”他一边说着，一边含笑向孙思邈点头示谢。
孙思邈听到李世民这些话时，怔住了。许久，孙思邈神色肃然，缓缓向李世民跪身拜了下来：“陛下身处生死攸关之际，仍能秉心平正，不为私欲所惑，不为私利所动，不妄不躁不迷不乱，果然不愧为一代得道明君！老夫替天下苍生谢过陛下了！今日老夫拼尽最后一口气，也必定要将陛下身患的沉疴彻底治愈。”
长孙皇后渐渐停住了哭泣，向孙思邈求道：“如今陛下病情危急，再也耽误不得，请您速速着手进行诊治。“孙思邈点了点头，缓缓站起身来，静静地看着李世民。许久，他才转向魏征，悠然说道：“魏君当年游学四方，应该也曾听过‘先天气功’百步疗人之术罢？”
当年魏征研习道家学术，便知道家素来有修炼先天元气内丹学说。此术为春秋时期老子所创，在西汉名士魏伯阳、魏晋高人葛洪等人的继承发扬之下，已然卓有成效。但修习先天气功者，第一便以凝神守气为要，最是不可轻泄虚耗，否则轻者有走火入魔之忧，重者有形神俱灭之灾。他这年近百岁之人，如若此时为病人费神耗气，则必损己寿。魏征登时流下了两行清泪，哽声说道：“孙先生真乃菩萨心肠！魏某代天下百姓谢过孙先生！”说罢，立刻跪倒在地，向孙思邈拜将起来。孙思邈上前轻轻扶起魏征，笑而不语，示意长孙皇后和魏征退了开去。
只见孙思邈站在李世民的病榻前二丈开外，双掌慢慢提起，当胸一合，向着李世民胸腹之间隔空平推而出。随着他的双掌缓缓推出，他红润的面庞之上顿时现出了一层淡淡的紫光。刹那间，李世民感到一股滚滚热浪自胸前直涌而入，入体之后立刻散成脉脉细流，汩汩然奔流不息，所经之处竟是热血如沸。他大吃一惊，感到体内灼热异常，顿时大汗淋漓，不禁翻身坐起，当他坐起身来的一瞬间，他发觉先前身上那种腰酸背痛、疲软无力之感已然一扫而光，全身上下舒爽无比，举手投足之际精神焕发！
唐太宗欣喜若狂，正欲欢呼惊叹，抬眼一看，却见孙思邈已坐倒于地，顿时怔住了，半晌说不出话来。
此刻的孙思邈，面庞已变得苍白如雪，现出了一条条纵横交叉的皱纹，满头浓密长发也尽数脱落，而一绺银亮如丝的长须也都变得枯槁不堪。
孙思邈在魏征怀里慢慢睁开眼来，目光已变得混浊而无神，有气无力地嘶声说道：“终于大功告成了！……陛下，你身上的病可好了么？”李世民“嗯”了一声，双眼热泪顿时夺眶而出，躬身前去扶住孙思邈，哽咽着说道：“难道，难道是孙先生牺牲了自己的元气来救了朕吗？”“陛下，孙先生岂止是牺牲了自己的元气，更是牺牲了自己的性命来救陛下啊！”魏征哭道。
孙思邈轻轻摆了摆手，道：“陛下乃一代明君，老夫牺牲自己衰朽之躯，全力诊救，心中无怨无悔。但求陛下将来广施仁政，念念以济世安民为本，不负老夫今日的死谏啊！”唐太宗握住孙思邈的手，已是泣不成声，连连点头。
孙思邈从袖中取出一本厚厚的书册来，又道：“这是老夫一生走遍三山五岳，访遍各地名医，集毕生之心智精力而写成的《千金方》一书。陛下若能将它令人抄录下来，广为传授，使有志于学医者习之，则孙思邈虽死，亦死而不朽，后继有人，岂不快哉？”说罢，头一歪，气绝身亡。
唐太宗当即下诏，追封孙思邈为药王。而在唐朝，被封为异姓王者，仅孙思邈一人而已。同时，他令礼部专人抄录《千金方》，散发天下各地，令所有从医者人人学习，实现了孙思邈生前“医道大行，泽被苍生”的志向。
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