本研究團隊由來自臺灣和美國的病理學、公共衛生學、健康經濟學和生物統計學方面的學者專家所組成。在樣本選擇方面，本當以煉「法輪大法」人數最多的中國大陸的學員（估計約有七千萬以上的人數）為抽樣對象，但是由於中國政權於1999年開始迫害法輪功的學員，以致於無法在中國大陸進行調查研究。因此，本研究團隊在2002年底選擇修煉「法輪大法」人數次多的地區─臺灣─進行抽樣調查。
抽樣設計上，由於法輪大法的傳功方式採用「鬆散管理」，對於煉功的學員「不立名冊」，只有在網站上公開所有在臺灣各地的煉功點和讀書會的聯絡資料，因此採用「集群抽樣」方法。同時，本研究為了考慮城鄉人口的差異性，為了能夠抽到煉功點較少的鄉村地區的樣本，先將全國365個「鄉鎮市區」等級的行政區，按照都市發展程度分為十層，在每一層中各抽出20％的鄉鎮市區後，再對該鄉鎮市區的所有「法輪大法」的煉功點和讀書會的成年學員發出問卷。而「法輪大法」成年學員的定義是年滿18歲、修煉法輪大法超過兩個月、並且至少通讀「法輪大法」的修煉心性的指導書籍《轉法輪》一次以上。最後共收集了1,210個有效樣本，回收率大約是75%。
這份「臺灣法輪功學員身心健康調查」的問卷中包含了受訪者在修煉前後的醫療使用量變化情形、罹患重要慢性疾病的狀況的變化情形、生活方式(如吸菸、酗酒等不良生活習慣)變化情形，以及個人屬性等等的資訊。此外，為了要能夠和臺灣一般人民的健康狀態相比較，也採用了臺灣2001年「全國健康訪問調查」中的自評健康狀態的「簡表─36」（英文名稱是Short Form-36， 或SF-36）。這個「簡表─36」已經被國際醫學及公共衛生學界廣泛的的接受與應用，其內容則包含了身體健康和精神健康兩大方面的評估。身體健康方面細分為四種指標：身體功能（Physical Functioning：PF)、 因身體健康問題所引起的角色限制(Role Physical：RP)、 身體疼痛程度(Bodily Pain：BP)和整體健康狀況(General Health：GH)。在精神健康方面也細分為四個指標： 活力狀況(Vitality：VT)、 社會功能(Social Functioning：SF)、因情緒問題所引起的角色限制(Role Emotional：RE)和心理健康狀態(Mental Health：MH)。根據「簡表─36」的設計人Dr. Ware所提供的計算公式，將這八個項目分別計算出範圍為0-100的分數，作為身心健康的量化指標，分數愈高表示健康狀況愈好，依此指標，可以比較不同群體間的健康狀況。
在分析的方法上，本研究分別以臺灣一般民眾及法輪功學員修煉前的自己作為對照組，來比較
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