傳染病發生越來越頻繁
傳染病的歷史與人類歷史相始終，中國也不例外。據《中國傳染病史料》統計，中國疫年與非疫年的比例分別為：兩漢三國時期1︰7.6，兩晉南北朝時期1︰4.9，隋唐五代時期1︰6.5，兩宋時期1︰3.19，元朝1︰2.3，明朝1︰1.77，清朝1︰1.23。周秦時代關於傳染病的記載相對較少。就次數來說，據《中國救荒史》的不完全統計分別是：周代1次，秦漢時期13次，三國兩晉時期17次，南北朝時期17次，隋唐五代時期17次，兩宋金元時期32次，明代64次，清朝74次。從數字可見，從古到今，傳染病的發生頻率基本上是越來越高。
傳染病在古代是十分可怕的災難。東漢末年，傳染病肆虐，每隔幾年就有一起甚至多起傳染病流行。在著名的赤壁之戰中，曹操的軍隊於秋天來到當時的血吸蟲病流行區域，冬天作戰之時，將士染病近半數，極大地削弱了戰鬥力。而建安七子之中竟有五人死於傳染病。曹植描述當時疫病流行的慘狀說：「建安二十二年，癘氣流行，家家有殭屍之痛，室室有號泣之哀。或闔門而殪，或覆族而喪。」
清朝是一個傳染病高發期，幾乎每隔一年就發生一次疫情。尤其是1910年的東北鼠疫，死亡六萬餘人，震驚中外。
巫師是怎樣變成醫生的？
記載古代疫情的文獻很多，《尚書》、《詩經》、《國語》、《左傳》、《史記》和《漢書》中都有部分疫情記載。《五行志》裡記載了傳染病的發生和防治情形。從文獻來看，中國古代十分注重防治結合，尤其在國家安定、力量較強的時期，對傳染病的控制最為有效。
上古之時，無所謂醫術，只有驅邪破邪的巫術。用巫術治病的人就是巫醫，又叫做「苗父」。苗父作法之時，用草紮成狗的形狀，在上面纏繞些絹布、描繪些圖案，向北面禱告，只用寥寥數語，就可以治療在場的病人。就連《論語》也提到巫醫：「人而無恆，不可以作巫醫。」巫醫們漸漸積累經驗，逐步形成醫學和醫藥。
到了周代，醫已經有自己獨立的系統。民間疾疫也有專門的醫生來治療，叫做「疾醫」。秦漢時衛生問題開始受到重視。《論衡》告誡人們不能吃老鼠碰過的東西；《金匱要略》則指出，決不能吃被蟲子、螞蟻咬過的掉在地上的果實；漢代還規定「吏五日得以下沐，善休息以洗沐也」；《淮南子》總結民間經驗，認為被打死的病犬不可以投入水中，否則會污染水源；而城市污水也受到重視，據說蕭何在未央宮修建了下水溝，像石渠一樣，名石渠閣；為了減少城市灰塵，還製造了類似灑水車的「翻車渴烏」。
隔離———秦朝創造的防疫辦法
秦朝十分注重用法律來控制傳染病。秦律規定，凡麻風病人都要送往「癘遷所」隔離起來。西漢時碰到疾疫，也採取了及時的隔離措施，以防傳染。晉時，為保護皇帝及朝廷官員，規定官員家中發生傳染病，如有三個以上的親屬被傳染，即便官員自己沒有被傳染，也不得入宮，為期一百天。
公元568年，河南汲郡首次出現了寺院傳染病院。在西山寺，僧人們設立病房，「收養癘疾」。北魏先「於別坊遣醫救護」，後又成立醫館。南齊還出現了私人醫院，以彌補國家力量的缺失。隋朝與秦類似，專門為麻風病人設立「癘人坊」。唐時，疫情發生後，政府採取贈藥、埋葬和在交通要道上曉諭藥方的辦法來加以控制。寺院中設立醫院也很盛行，武則天還設專使加以管理。
北宋出現了接種疫苗
最重視防疫和治疫的莫過於兩宋。宋人已意識到「煎水」可以消滅疾病的源頭；兒童從小被教導上廁所要除掉上衣，且「下必浣水」；糞便也會傳播疾病，因此杭州城有專門的收糞人，有力地保障了城市的清潔衛生；宋朝對監獄的衛生也空前的重視，規定每五天就要打掃一次，甚至連犯人的枷鎖都要清洗乾淨；《太平聖惠方》還告誡人們，春末夏初是狂犬病的高發期，碰到瘋狗一定要趕跑。
兩宋前後有各種職能不盡相同的醫療機構，如養濟院、福田坊、將理院和安濟坊等。一些醫學教育機構在疾疫發生時也承擔治疫的任務，如中央的太醫局。地方上，州縣設醫學校，有疾疫時負責安置、隔離和救治病人。除此之外，浙江地區的私人醫院也十分盛行，其代表是蘇軾創辦的「安樂坊」，主要也是起隔離和救治的作用。
當時皇帝對民間疫情的重視也超過以往。宋仁宗為了治療京師大疫，不惜將留給自己的名貴藥材分發給百姓。兩宋時還大量修訂、編撰和印行醫書。1057年，朝廷還設立「校正醫書局」，運用當世著名醫家的力量，對歷代重要的醫學典籍進行系統的整理和再版。由政府出面整理和推廣醫書和藥方，這在全世界的歷史上都是一個驚人的創舉。據說北宋時還首次出現了接種天花疫苗的案例。
明朝傳出「種痘之法」康熙親自研究天花
金、元、明、清各朝都部分地繼承了兩宋的防疫治疫措施，但具體情形又有所不同。金朝的醫療機構主要服務於官府，惠民司也僅僅對外銷售藥物，沒有治疫和防疫的功能。到了元代，醫生的地位較高，醫書的出版也很活躍。宮中設醫學提舉司，負責醫學典籍的整理和出版、考察醫生和教官、教育太醫子弟。民間設醫戶，可以從事醫療活動，在民間發生疫情時即投入治疫工作。
明朝是中醫歷史上傳染病研究有重大進展的一個朝代。這一時期湧現了大量傳染病學的專家，他們總結經驗，分別出版了專門研究瘟疫、痘疹、麻風病、梅毒和瘧疾等傳染病的醫學專著。明朝隆慶年間，寧國府太平縣某不知名人士傳出了種痘預防法。雖然種痘的方法還在摸索之中，推廣的地區也不廣泛，但這畢竟是中國古代預防傳染病的一大進步。在設置醫事機構方面，明朝大多沿襲元代的做法，但國家在治疫防疫方面發揮的作用日漸變小，許多原本為日常需要的醫療機構卻在重大疫情發生之時才被啟用。
到了清朝，僅有少數惠民藥局還在發揮作用。與此相對應的是，明中期以來，地方人士在防疫治疫方面扮演著越來越重要的角色。清朝唯一顯得活躍的是天花的防治。不僅設了「查痘章京」，康熙皇帝還親自研究天花，大力推廣種痘法。不過，同治皇帝卻依然死於天花。
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