慧遠出家後，勤加修煉。道安稱讚說：「要使大道在東土流傳，就全靠慧遠了。」
因為戰亂，慧遠跟隨師父道安不斷遷徙。後來他們來到了襄陽，在此講經說法十五年。此後，慧遠與弟子數十人南往荊州，住在上明寺。不久，又決定前往羅浮山。途經廬山時，慧遠被其清淨所吸引，決定在此停留。他們開始住在龍泉精舍，此處離水源比較遠。慧遠就用錫杖叩地：「如果這個地方能容我們棲身，當使枯竭的土壤中冒出泉水。」話音剛落，水便湧了出來，形成了一條小溪。因此精舍被稱為龍泉寺。不久，潯陽一帶大旱，很長時間沒有下雨。慧遠就來到水池邊，閉眼誦讀《海龍王經》。一會兒，有巨龍從水中躍到空中，隨即下起了大雨。
陶侃鎮守廣州時，有漁人在海中見到神光，乃是阿育王像。陶侃即接回送到武昌寒溪寺。寒溪寺主持僧珍曾經去夏口，夜裡夢見寺中起火，只有安置阿育王像的屋子獨有龍神圍繞。僧珍覺醒後飛馳還寺，果然寺已經被毀，只有放置阿育王像的屋子留存。後來陶侃調任，因為像有威靈，便派人來迎接。數十人剛剛把像放在船上，船就沉沒了。在慧遠創建東林寺後，他虔誠禱告，阿育王像飄然而至。
慧遠在廬山修煉三十餘年，弘揚佛法，影不出山，跡不入俗。他被視為佛教淨土宗的初祖。
晉義熙十二年八月初，慧遠圓寂，終年八十三歲。
(《神僧傳》卷二)
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