美科学家恢复被删病毒序列 有助病毒溯源(图)

2021-06-30 09:30 作者: 肖然

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2月3日,世卫组织团队调查新冠大流行起源期间,武汉病毒研究所大门前部署了严密的警力把守
2月3日,世卫组织团队调查新冠大流行起源期间,武汉病毒研究所大门前部署了严密的警力把守。(图片来源:HECTOR RETAMAL/AFP via Getty Images)

【看中国2021年6月30日讯】虽然由于中共拒绝提供相关数据,美情报界有关COVID-19病毒溯源调查可能不会得出明确结论。但一位美国科学家表示,即使在缺乏实地研究的情况下,也可能促进对病毒起源的理解。

《华尔街日报》6月28日报导,拜登总统将在7月中收到一份对45天调查情况的最新报告,政府官员表示,即使是部分进展也可能缩小对新冠起源认识的分歧,并为进一步调查提供线索。

布鲁姆:世卫-中国溯源报告不能代表武汉早期疫情

西雅图弗雷德.哈钦森癌症研究中心首席研究员、病毒学家在6月22日发表的论文(《恢复被删除的深度测序数据为早期武汉新冠病毒流行提供更多信息》)中说,“即使没有进一步的实地研究,通过更深入地探索国家卫生院(NIH)和其它机构存盘的数据,也有可能促进对新冠病毒(SARS-CoV-2)起源或早期传播的理解。”

布鲁姆的研究和探索引发了两个故事:首先他从谷歌云中恢复了一些被删除的文件,重建了13个武汉新冠疫情早期病例的序列,对这些序列的系统发育分析表明,新冠病毒在2019年12月海鲜市场相关的疫情爆发之前就已经在中国武汉市传播了。

其次,他发现一些原先存储在美国国家卫生院一个数据库里的序列被删除了,经询问,国家卫生院确认,这是在递交这些序列的中国研究人员提出要求后删除的。

对这些被删除的病毒样本序列进行研究后使布鲁姆得出结论:“作为世卫组织-中国联合报告重点的华南海鲜市场序列,并不能完全代表武汉早期疫情的病毒。”

布鲁姆的论文发现,海鲜市场2019年12月的病毒样本包含三个基因突变,而几周后搜集的病毒样本则没有这些突变,也就是说,后来发现的病毒与在蝙蝠身上发现的冠状病毒相似度更高。

“这支持了这种病毒的一些早期谱系没有经过海鲜市场的观点,”《纽约时报》说。“新分析支持了早些时候的说法,即在2019年12月与生鲜市场有关的最初疫情爆发之前,多种冠状病毒可能已经在武汉传播开来。”

拉瑟姆:布鲁姆研究更加推进实验室泄露说

位于纽约伊萨卡的非营利科学机构《生物科学资源项目》执行主任、病毒学家拉瑟姆(Jonathan Latham)说,布鲁姆的研究报告“全面排除了华南(海鲜)市场为源头”的说法,并为证明病毒从实验室逃逸推进了一步。

“研究显示了一个单一物种跳跃到了人类身上,而这与我们对典型的人畜共患爆发的理解不一致。”拉瑟姆在回复评论要求的电邮中写道。“一个单一物种的跳跃,从另一方面看,暗示了实验室逃逸。”

不过,《华尔街日报》引述匹兹堡大学病毒学家库珀博士的话说,“删除的序列并不能解决关于大流行是由实验室事故还是动物传染给人的持续争论。‘你仍然可以双向争论,’他说。”

布鲁姆是今年5月14日在《科学》杂志发表的《调查新冠病毒起源》公开信的共同作者。该信批评世卫组织-中国联合调查报告,对新冠病毒的自然和实验室溢出“这两种理论没有得到平衡的考虑”;认为“进一步明确这一流行病的起源是必要、可行并能达到的”;呼吁“一个正确的调查应该透明、客观、以数据为导向、具有广泛专业知识的包容性、接受独立监督并负责地管理以尽量减少利益冲突的影响。”该信获得美国及全球17名科学家联署。

布鲁姆在研究报告中描述了他是怎么发现美国国家卫生院删除序列数据的。他说,他在阅读一篇有关SARS-CoV-2的序列数据论文时,了解这些序列都存储在国家卫生院的序列读取档案中。

那篇论文列出了一个表格,“其中大部分条目是有关武汉大学一个项目”,“该项目代表了截至2020年3月30日在序列读取档案中282份SARS-CoV-2测序运行样本中的241份。”这些样本是由“傅艾苏(音)和武汉大学人民医院收集的,”布鲁姆写道。

他到国家卫生院管理序列读取档案(Sequence Read Archive[SRA])的国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)搜索这一项目,得到的结果是“未找到任何项目”。然后他改搜单个测序运行样本,“结果表明测序运行已被删除,”他在文中写道。

“对于任何想了解病毒传播情况的人来说,武汉早期门诊患者的样本是一座金矿。”布鲁姆写道。

“至少,国家卫生院应该可以立即确定删除此处分析的数据集的日期和声称的原因,因为从SRA中删除序列的唯一方法是向序列读取档案工作人员发送电子邮件请求(SRA 2021)。”《华尔街日报》报导。

布鲁姆随后联系国家卫生院,询问为什么删除这些序列。

国家卫生院确认删除

6月24日,美国国家卫生院在回复美国之音问询的电子邮件中确认了删除并解释了原因。

国家卫生院公共事务专家艾玛.沃伊托维茨(Emma Wojtowicz)写道,“管理序列读取档案(SRA)的国家医学图书馆(NLM)的工作人员已经审查了提交调查人员撤回数据的请求。”

电邮说:“这些SARS-CoV-2序列于2020年3月提交给SRA,随后于2020年6月被提交调查员要求撤回。请求者表示序列信息已更新,正在提交到另一个数据库,并希望从SRA中删除数据以避免版本控制问题。”

提交研究人员于2020年3月通过预印本和2020年6月在期刊上发表了有关这些序列的相关信息。

国家卫生院的电邮说,“提交研究人员对其数据拥有权利,可以要求撤回数据。”

但布鲁姆在其论文中说:“并不存在对删除的合理的科学理由。......论文没有更正,论文声明已获得受试者的批准,测序显示没有质粒或样本间污染的证据。因此,似乎这些序列可能被删除是为了掩盖它们的存在。”

美国联邦参议员乔什.霍利(Josh Hawley)6月24日致信美国卫生官员,要求回答为何最早确诊的新冠患者的重要数据从国家卫生院的数据库中消失。

“我越来越担心国家卫生院没有认真对待中共的阻挠及其动机,尤其是在有证据表明国家卫生院的资金可能已经流向武汉病毒研究所之后。”他在信中写道。

国家卫生院的公开信息显示,从2014年至2019年,国家卫生院向非营利机构生态健康联盟提供了约370万美元的经费资助,开展名为“了解蝙蝠冠状病毒出现的风险”(Understanding the Risk of Bat Coronavirus Emergence)的研究。而该联盟一直将部分资金用于与武汉病毒研究所的合作项目上。

为什么要删除?

《生物科学资源项目》创办人、病毒学家拉瑟姆告诉美国之音,布鲁姆论文的另一个要点是,提出了“为什么这些重要数据要被删除,以及为什么现在不将这些数据提供出来。”

“中国政府正在隐瞒证据。”拉瑟姆写道。因为,“很难想出一个很好的理由(解释为什么要删除)。”

布鲁姆认为,这些序列被删除是可疑的,这样做的目的“似乎是为了掩盖它们的存在”。

布鲁姆在论文中写道:“在其它早期病例的直接识别受到阻碍的疫情爆发中,越来越有可能使用基因组流行病学从病毒序列分析中推断出传播的时间和动态。例如,对SARS-CoV-2序列的分析,已经能重建SARS-CoV-2在北美和欧洲的初始传播。”

但是,基因组流行病学在疫情爆发最早的武汉的案例中,却至今无法重建病毒的初始传播模型。布鲁姆认为,原因就在于武汉病例能提供的数据有限。

“尽管武汉拥有先进的病毒学实验室,但却只有该市疫情爆发头几个月的零星SARS-CoV-2序列样本。除了2019年12月下旬从与华南海鲜市场相关的十几名患者那里收集的一组多重测序样本外,只有少量武汉序列是2020年1月下旬之前的。”

他认为,“这种序列的缺乏可能是因为接到了命令,即未经授权的中国实验室必须销毁爆发初期所有冠状病毒样本。据报导,这是出于‘实验室生物安全’的原因。”

2020年2月14日,习近平主持一个会议,号召“针对这次武汉肺炎疫情暴露出来的不足,抓紧堵塞漏洞,”并强调,要尽快推动“生安全法”。

2020年2月25日,中国疾控中心发文,规定“任何人不能以个人或研究团队名义擅自向其他机构和个人提供新冠肺炎疫情相关信息,包括数据、生物标本、病原体、培养物等。”“发表与新冠肺炎疫情相关的论文和成果前,必须先报科技组/科技处初审,必要时提请应急领导小组或国家卫生健康科教司审批。”“未经科技组/科技处审核的已投稿的论文,尽快撤稿并执行本规定。”“有违反上述规定者,依纪依法依规进行严肃处理。”

2020年3月3日,国务院再发文“认真贯彻落实习近平总书记关于疫情防控工作的一系列重要指示精神……形成新冠肺炎科研成果信息发布全国‘一盘棋’格局。”

尽管中国各级机构采取措施严防信息外流,《华尔街日报》引述天普大学生物学教授、病毒病原体进化专家谢尔盖.庞德(Sergei Pond)的话说,布鲁姆博士的论文表明,可能还会有其它早期序列数据出现。

“如果有更多序列被曝光,特别是来自早期时间点或其他地方的档案样本,一切都可能再次发生变化,”他说。“我认为这很有可能会发生。”

 

来源:美国之音

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