本案發生之初，當局曾將矛頭指向西班牙境內的分離主義運動組織「巴斯克祖國自由軍」（ＥＴＡ）。不過新證據顯示，也極可能是回教激進份子所為，甚至是兩年半前策畫及執行「九一一」美國紐約及華府恐怖攻擊的「基地」全球恐怖組織。
倫敦一家阿拉伯文報紙《阿拉伯聖城報》表示，該報接獲自稱「馬斯里旅」的團體所傳來一封長五頁的電子信函，聲稱此案乃該團體以「基地」組織名義所犯。馬斯里旅是為紀念基地恐怖組織被格殺的領導人馬斯里而成立的，信函並揚言，該團體旗下一支敢死隊已滲入西班牙境內。
事實上，西班牙一些媒體及官員已將這次事件稱為「我國版的九一一」。巧合的是，美西兩國所遭攻擊時間上正好相隔九百一十一天。
西班牙政府在去年伊拉克戰爭當中曾大力支持美國，可能因而觸怒回教激進份子。同時，「基地」組織不少分子曾在西班牙境內落網，而當局也認為他們許多根本是以西班牙為活動據點。另外，警方也在馬德里以東廿五公里的阿卡拉鎮查獲一輛在三個月前失竊，但可能與案情有關的箱型車。警方在車上查獲七具引爆器，並在前座發現一卷內容為以阿拉伯語念可蘭經的錄音帶。
美國一位資深情報界人士表示，西班牙當局最初判斷此案是ＥＴＡ所犯，可能是錯誤結論，而美國中央情報局也正搜尋此案與「基地」的關聯。美方官員指出，這次爆炸案無論在引爆精準度及協同性方面，已遠超出ＥＴＡ以往所展現能耐。
爆炸案罹難者人數已增至一百九十八人，傷者更高達一千四百人。總理艾茲納今天召開記者會表示，死者當中除了本國民眾外，還有其它十個國籍的人士，許多是來自拉丁美洲。傷者當中，目前還有四百零八人住院治療，其中三十八人情況危急。
英國《泰晤士報》報導，放置在這四列早上交通尖峰時間火車上的十三枚背包炸彈，是用手機信號引爆，其中十枚是從上午七點三十九分第一次爆炸開始，於短短十五分鐘內相繼爆炸。其餘三枚則未爆。
十起爆炸當中，又以發生在駛入波佐車站一列雙層列車的兩起爆炸最為嚴重，共造成七十人死亡。次嚴重的兩起爆炸發生在一列駛入馬德里地鐵及火車交通樞紐阿托卡站的列車，造成至少三十人死亡。
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