正式会议开始之前，负责具体主持评议会工作的评议会秘书翁文灏，即与在重庆及已到重庆的评议员朱家骅、王世杰、傅斯年、周仁、竺可桢、汪敬熙、李四光等，就院长候补人问题进行了非正式沟通，征询大家意见。时任中国驻美国大使的胡适，似乎是中研院院长最热门的人选。傅斯年致胡适的信中说：“我辈友人以为蔡先生之继承者，当然是我公，又以为从学院之身分上说，举先生最适宜，无非表示学界之正气、理想、不屈等义。”据说陈寅恪曾声明，重庆之行只为投胡适一票，但是，翁文灏三月十六日接到一封陈布雷给他的信，说蒋委员长“盼以顾孟余为中研院院长”（翁文灏日记）。翁文灏次日在中研院与傅斯年等会面时，原样转达了陈布雷信中的意思。不料一石激起千层浪，傅斯年对此“颇表愤慨”，认为这种事先指定的做法“于（中央研究院组织）法不符”。汪敬熙、李四光也“主张应有Academic free spirit（学术自由精神）”。
翁文灏将众人的意见很快反馈到陈布雷处。陈布雷急忙对翁文灏解释，说蒋介石只是在与他和张群谈及中研院时，提到中研院应归行政院管辖，院长不宜由评议会选举，但也“未言决即更改”；“对院长人选，曾提及吴稚晖、戴季陶、钮铁（惕）生等，嗣又提及顾孟余”。陈布雷如此一说，好像反倒是中研院小题大做了。既然蒋本人也只是非正式地提及，并没有一个断然的决定，除向陈布雷说明“盼能依法办理”，希望不至破坏法律外，翁文灏也就没有再作更多的表示。此外，翁特意又走访了陈布雷提到的，蒋作前述表述时的另一位在场者张群，似乎也没有探听到更多与陈布雷所说不一致的地方。下午，翁文灏、傅斯年、任鸿隽、李四光、汪敬熙一起，又与王世杰专门讨论选举院长事。据翁文灏日记载，当时王世杰只是表示，关于此事，他本人“有二个consciences（良心）”。两个什么consciences？翁日记没记，王世杰具体说没说也不得而知。到三月二十日，已有更多的评议员到渝，大家又聚在中研院，酝酿院长候补人选，议论所及，主要有胡适、翁文灏、朱家骅、王世杰、马君武及顾孟余六人。次日，在翁文灏举行的欢迎宴会席间，评议员们进行了一次民意测验性的非正式投票。结果翁文灏得二十三票，胡适得二十二票，朱家骅得十九票。
二
中央研究院评议会终于在重庆的蒙蒙细雨中，于三月二十二日正式开幕。第二天，会议进行院长候补人的正式选举。到会评议员以无记名方式推举三名院长候补人，结果翁文灏与朱家骅各二十四票，胡适二十票，李四光六票，王世杰四票，顾孟余一票。按照有关规定，评议会将得票最多的前三人具名呈报国民政府。
按说此事的结果还算圆满，一方面学者们顶住了最高当局的“条子”，显示了自己的academic free spirit；另一方面，当局没有再强行施压，或搞暗箱操作之类，而学者们选出的翁、朱、胡三人，也并不出当局意外。胡适旺盛的人气原本也只是国内知识界（主要是人文社会科学界）一种情绪的表达与释放。陈源的态度可谓是最典型的代表：中央研究院院长胡适当得，但是他“现在在美国的使命太重要，不能回来也是事实”。傅斯年说得更明白“实则我们之选与不选，先生之就与不就皆不相干。”而且他们也没指望蒋会舍翁、朱而选胡。况且连胡适本人也“并不想做院长”。这在他给夫人江冬秀的信中说得很明确。他的夫人也不愿意，而且要胡适拿定主意，不要把人格、思想毁在这个年头上。
三
按说接下来的事应该比较简单了。胡适是思想家，当时中国名气大得不能再大了的学者，时任驻美国大使；翁文灏是中国地质学的奠基者，也是当时中国科学家中国际知名度最高的，时任经济部部长；朱家骅在三人之中学术资历最浅，但也算是地质学家出身，作过大学教授、系主任，时任国民党中央组织部长。三人之中圈定谁都没有什么困难，甚至不久就已有人向在国内的胡适夫人江冬秀道贺：胡适要当中研院院长了。
然而一波未平一波又起，从三月下旬直到九月上旬，中央研究院院长的正式任命迟迟没有下文。实际上，关于中央研究院院长人选问题，自从蔡元培逝世以后各方就一直在较量之中了。
最不愿意胡适此时回国的是国民党中央宣传部长王世杰。用王世杰的话说，虽然胡适算不上一流的外交家，美国的外交政策也不是容易被他国外交官转变的。但他认为，美国外交政策中那些可以设法转变的，胡博士去做就比其他人有效。因此他极力反对让胡适回国当院长。据信，蒋介石让陈布雷“下条子”举顾孟余的事，就是王世杰的移花接木之计。没想到弄巧成拙，此事遭到学者们的强烈反弹，选胡适的呼声反而更高。陈寅恪尤其大发学术自由之说，甚至明确表示：我们总不能单举几个蒋先生的秘书。
最想且最有能力把胡适从美国调回来的，不是傅斯年，更不是陈寅恪，而是行政院副院长兼财政部长孔祥熙。孔祥熙是个对权力和财富欲望都很强烈的人，虽家财万贯，仍聚敛不止，尤善假公而济私。尤其是知识分子，对孔祥熙最为反感。傅斯年多次在国民参政会公开攻孔，要求其下台。而胡适对傅斯年攻孔行为是不赞成的。但是，一九四○年初，为美国第二次对华借款以云南锡矿砂作抵押事，胡、孔产生矛盾。孔祥熙同意在先，内容对外公布后又反悔，责备条件太高，要求胡适重谈。双方关系由此恶化，孔甚至必欲使胡适去之而后快。中央研究院院长选举之后，孔祥熙找到了一条排挤胡适的正当理由。
很快，国内有关胡适将回国任中研院院长的消息不胫而走，甚至驻美大使的继任人选颜惠庆本人都已整装待发了。与此同时，孔则不断组织对胡适的攻击。“因为他们攻击的次数太多”，蒋介石也做出“还是请他回来吧”的表示。此时最觉尴尬的要算是胡适了。虽然“并不想做院长”，但此时若声明不干，那则有恋栈之嫌。因为在知识分子眼中，中研院院长就像大学校长一样，毕竟属于学术职务，而驻美大使则是政府官员。“官迷”的名声对于崇尚自由主义的胡适要算是最重的骂名了，因此他一开始采取了“此时一切不过问”对策。但是没过多久他就撑不住了。七月二十二日，胡适致函王世杰，对外间盛传其将被免职事表示不快，且露辞意。收到此信后，王世杰如热锅蚂蚁，他先后找陈布雷、翁文灏商议对策，又将信送呈蒋介石。此事的最后决定者蒋介石，此时方正式表示由胡适继续任大使不变，并嘱外交部公开否认外电所传胡适辞职谣言。二十七日，王世杰电胡适：“外传调兄返国，均由中央研究院问题引起，政府觉美使职务重于中研院，迄无调兄返国决定。”
四
接下来院长的人选只有在翁文灏、朱家骅之间选择了。一直到蔡元培先生逝世半年有余的九月十八日，国民政府才正式公布派朱家骅为中央研究院代理院长的任命。
据张群讲，中研院院长人选问题，蒋原意是想让胡适回来，后又想任命翁文灏，直到最后时刻才决定改由朱家骅暂代。朱家骅明明是合法的三位候补人之一，为什么不正式任命而只付以暂代之名呢？这大概就是王世杰的conscience。王不想让胡适此时离任回国，但又觉得胡适因此失去中研院院长牺牲太大，于是欲留此位以待之。故说动老蒋，此时只让朱家骅暂代。朱骝先此时心中虽颇为不悦，但中央研究院代理院长对他也还是个颇有诱惑力的职位，最后还是同意了。不过胡适从朱家骅手中接掌中央研究院，则是十八年以后在台湾的事了。
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